В коммунальной квартире три комнаты и три разных собственника. Все три сдаются. Но в одной из них никто не прописан,

Легально. Закон не нарушается.
Человек имеет право проживать не по месту фактической регистрации. Как у них оформлено это - ни вы, ни я не знаем. Сроком по 11-ти месяцев сдавать жильё в поднайм можно и без регистрации договора поднайма в налоговой инспекции.

А вот насчёт оплаты коммунальных ресурсов ( по счётчикам или без счётчиков), потребляемых квартирантами, собственникам надо бы было договориться давно.

Вы пишите "тем, кто прописан, приходят большие квитанции за жкх, так как квартиросъёмщики наматывают". Вопрос: у вас раздельные счета и квитанции? Тогда нет причин для споров. Если у вас общий на квартиру счёт и квитанция, тогда принято делить по числу проживающих. При общем счёте незарегистрированный собственник всё равно не хочет платить за ресурс, потребляемый его квартирантами? Отключите его комнату от света. Препятствуйте пользованию ванной и туалетом на основании, что его собственник это не оплачивает. И каждый раз заново...))) Судом вы его не принудите к добровольному участию, только лишите всех права сдавать комнаты, например, без его согласия.

Прописки нет уже более четверти века. Жилое помещение сдается физ лицами по договору найма, а не аренды. Что именно вас беспокоит?

Обратитесь к старшему по подъезду ( по дому ), которая / ый с работниками УК быстро разберется кто прописан и кто живёт не легально, ведь за ОДН платит весь дом.

собственник этой комнаты может быть прописан в другом жилье

А вы как думаете?
Если у вас, допустим несколько квартир, то вы обязаны туда кого-то прописывать при сдаче жилья в аренду? Обязанности такой у арендодателя быть не может.

ты кто - сексот ? -если ВСЕ комнаты сдаются - договорились.. ст. 246,247,253 ГК РФ..