Могу ли я сделать перепланировку в квартире, купленную на ипотечный кредит?

Можете. См. ниже:
Глава 4. Переустройство и перепланировка жилого помещения
Статья 25. Виды переустройства и перепланировки жилого помещения
1. Переустройство жилого помещения представляет собой установку, замену или перенос инженерных сетей, санитарно-технического, электрического или другого оборудования, требующие внесения изменения в технический паспорт жилого помещения.
2. Перепланировка жилого помещения представляет собой изменение его конфигурации, требующее внесения изменения в технический паспорт жилого помещения.
Статья 26. Основание проведения переустройства и (или) перепланировки жилого помещения
1. Переустройство и (или) перепланировка жилого помещения проводятся с соблюдением требований законодательства по согласованию с органом местного самоуправления (далее - орган, осуществляющий согласование) на основании принятого им решения.
2. Для проведения переустройства и (или) перепланировки жилого помещения собственник данного помещения или уполномоченное им лицо (далее в настоящей главе - заявитель) в орган, осуществляющий согласование, по месту нахождения переустраиваемого и (или) перепланируемого жилого помещения представляет:
1) заявление о переустройстве и (или) перепланировке по форме, утвержденной уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти;
2) правоустанавливающие документы на переустраиваемое и (или) перепланируемое жилое помещение (подлинники или засвидетельствованные в нотариальном порядке копии) ;
3) подготовленный и оформленный в установленном порядке проект переустройства и (или) перепланировки переустраиваемого и (или) перепланируемого жилого помещения;
4) технический паспорт переустраиваемого и (или) перепланируемого жилого помещения;
5) согласие в письменной форме всех членов семьи нанимателя (в том числе временно отсутствующих членов семьи нанимателя) , занимающих переустраиваемое и (или) перепланируемое жилое помещение на основании договора социального найма (в случае, если заявителем является уполномоченный наймодателем на представление предусмотренных настоящим пунктом документов наниматель переустраиваемого и (или) перепланируемого жилого помещения по договору социального найма) ;
6) заключение органа по охране памятников архитектуры, истории и культуры о допустимости проведения переустройства и (или) перепланировки жилого помещения, если такое жилое помещение или дом, в котором оно находится, является памятником архитектуры, истории или культуры.
3. Орган, осуществляющий согласование, не вправе требовать представление других документов кроме документов, установленных частью 2 настоящей статьи. Заявителю выдается расписка в получении документов с указанием их перечня и даты их получения органом, осуществляющим согласование.
4. Решение о согласовании или об отказе в согласовании должно быть принято по результатам рассмотрения соответствующего заявления и иных представленных в соответствии с частью 2 настоящей статьи документов органом, осуществляющим согласование, не позднее чем через сорок пять дней со дня представления указанных документов в данный орган.
5. Орган, осуществляющий согласование, не позднее чем через три рабочих дня со дня принятия решения о согласовании выдает или направляет по адресу, указанному в заявлении, заявителю документ, подтверждающий принятие такого решения. Форма и содержание указанного документа устанавливаются уполномоченным Правительством Российской Федерации федеральным органом исполнительной власти.
6. Предусмотренный частью 5 настоящей статьи документ является основанием проведения переустройства и (или) перепланировки жилого помещения.

Если вы не выплатили полностью стоимость квартиры по ипотеке, то вы должны поставить в известность банк.

конечно, только надо разрешение взять на перепланировку в жил. инспекции

много бумажек, но можете