Как оформить новый построенный дом в деревне в собственность , куда обращаться,цена вопроса.

Воспользуйтесь "дачной амнистией", т. е. регистрацией прав в упрощенном порядке.
Начните с земли (речь идет, конечно, о з/участке, на котором Вы дом возвели. Ведь не просто где захотели-там и построили, верно?) .
Любой документ о предоставлении Вам до 2001 года з/участка будет являться основанием для регистрации права собственности на этот з/у. В 1990-ые годы в сельской местности всем земля предоставлялась "для ведения личного подсобного хозяйства" и выдавались свидетельства. Возьмите в Управлении Роснедвижимости кадастровый паспорт на з/у (даже без межевания, лист В1 только) - и в Рег. службу. Гос. пошлина 100руб.
После регистрации права собст-сти на з/у закажите в БТИ (теперь это тоже Управление Роснедвижимости) кадастровый паспорт на Ваш жилой дом (объект инд. жилищного строительства) . Никаких проектов, разрешений на стр-во, разрешений на ввод в эксплуатацию - не нужно! Документы о праве на з/у + кадастровый паспорт на ж/д = право собственности на ж/д. Гос. пошлина 100руб.
Такой порядок регистрации прав на ж/д сохраняется пока только до 01.01.2010. Предполагается продление срока, но пока не продлили. Удачи Вам!

Вы получали разрешение на строительство? утверждали проект? за актом приемки в эксплуатацию обращались? если нет то только через суд

В Управление Федеральной регистрационной службы по месту нахождения дома. Это явно будет не в деревне, а скорее всего в районе или ином административном центре, где расположен дом. Госпошлина 500 руб. при условии, что право собственности на землю у вас оформлено.

Право собственности на созданный объект недвижимого имущества регистрируется на основании документов, подтверждающих факт его создания. Также необходимо иметь документы на землю ( на основании чего она была вам предоставленна)