Подскажите, как правильно отсчитывать длительность трудового дня?

Длительность дня определяется ГРАФИКОМ РАБОТЫ, а не собственно наличием на рабочем месте.
Написано: с 9-00 до 18-00 (обед с 12-00 до 12-45).
В это время надо быть на рабочем месте (работать) А пришел РАНЬШЕ или ушел ПОЗЖЕ - это НЕ СЧИТАЕТСЯ за рабочее время.
Пояснение ваше выскочило позже и, поэтому, добавляю ответ.
РАБОЧЕЕ время с ДЕВЯТИ.
И вас никто не заставляет являться куда-то к месту сбора у автобуса, например. Это вам оказывается ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ И БЕСПЛАТНАЯ УСЛУГА.
Живите на месте ВАХТЫ. Поставьте палатку или домик присмотрите или землянку постройте.
КОСВЕННО ваши затраты времени оплачиваются в размере зарплаты. Вахтовый метод стоит дороже.

Начало и конец рабочего дня устанавливается "Правилами внутреннего распорядка... ". На вахте дневная смена начинается, как правило, в 8-00 и длится до 20-00, ночная - с 20-00 до 8-00... Задача Вашего руководства - доставить Вас на рабочую площадку к 8-00, и вывезти с этой площадки в 20-00. Время следования к рабочей площадке и от рабочей площадки в рабочий день не входит...

согласно правилам трудового распорядка. читайте правила там всё прописано. начало работы с.. например 08.00ч. но не с момента вашего прихода на работу. . иначе если я прихожу на работу в 7.15ч. а не к 08.00ч. то что же мне доплачивать будут за мой ранний приход? ? ))) нет конечно. желаю удачи!

С 9 часов. Ни одного работодателя не волнует, как и сколько мы добираемся на работу. Тем более, что Вас доставляют на работу - работодатель Вам же лучше делает.