Проблема с больничным и декретом!

Пишет заявление текущей датой на предоставление отпуска и назначение пособия с того времени, когда отпуск должен был быть предоставлен. Отдел кадров оформляет приказ текущей датой, бухгалтерия начисляет пособие за весь период, со дня, когда наступило право на назначение пособия, естественно, при наличии справки о том, что отец ребенка всё это время пособие по уходу не получал. С ФСС никаких проблем быть не должно, расходы возместят в полном объеме, по закону женщина имеет право обратиться за назначением пособия в течение 6 месяцев после исполнения ребенку 1,5 лет, так что ваша мадам никуда особо не опоздала и сделать вы с ней ничего не можете, только отпуск предоставить и пособие платить. А в случае отказа работодателя предоставить отпуск и выплатить пособие она вполне может обратиться с жалобой в трудовую инспекцию, прокуратуру.
Особо одаренному кадровику идти "на ковер" к начальству и объяснять, почему он допустил подобную ситуацию и, что руководству приказ подписать придется, а чревато это, как минимум, выговором нерадивому кадровику.
Если бухгалтерия очень боится за прошлый период пособия начислять и выплачивать, то пусть позвонят в ФСС и "спросят разрешения".

В принципе вы лохи. Вам нужно было оформлять акт не выхода на работу. После этого, послать заказным письмом бабе предложение прийти и оформить отпуск по уходу за ребенком. Если бы она после этого не пришла, то вы могли бы ее спокойно увольнять, по статье за прогул.
Вы проявили идиотскую "жалость" и сами себя загнали в тупик.