Если диплом занесен в реестр, то как можно проверить его подлинность по другому? Возникли сомнения насчет сотрудника.

Уж точнее того, что тот диплом занесён в реестр не может быть ничего. Другое дело, что тот диплом был куплен, но в том же заведении и при условии обучения там этого человека в эти годы. Но этого вы не узнаете никогда и ни от кого. Ну, если тот самый ваш сотрудник не проболтается на корпоративе при оч. сильном опьянении. Но ваше-то какое дело в этом случае- диплом у него настоящий и выдан в том самом учебном заведении, а уж как он был там получен- честно учился тот студент или покупал экзамены и саму дипломную работу -это не ваше дело. У многих сейчас покупные дипломы, поэтому такие работники и дела-то своего ничерта не знают, хотя их дипломы самые что ни на есть настоящие. Единственное, что вам остаётся, если хотите избавится от такого горе-работника-провести аттестацию на соответствие занимаемой должности. Но тут можете и не только с ним распрощаться, а и с другими работничками)

Я на заочном учился на вышку.
У нас например пол группы вообще не приходили никогда на сессии. Мы их увидели лишь на первом курсе и всё.
Экзамены и дипломную работу самостоятельно сдавали и не платили, лишь 2 человека, я и мужик 40-ка лет :)
Причём я скачал 2-е дипломные работы из интернета, объединил их, экономическую часть скопировал у одногрупника, и так и сдал диплом. Мне лишь один вопрос задали на защите диплома, с нуля я его делал, или это действующий проект. Я ответил что действующий и получил 4.
Свою дипломную работу я сделал, за одну неделю :) Когда началась преддипломная защита, я начал делать дипломную работу)

Раз занесён в реестр, значит подлинный. А что вы ожидали от молодого сотрудника, таких выпускников сейчас за деньги как сосиски на конвейере штампуют вузы.