Почему Пётр 1 стремился полностью подчинить церковь государству

Потому что тогда церковь была очень богата.
По сути она тогда была, как нынешний олигархат.
Владела землями, людьми, производственными мощностями тех лет.

а на кой ему второй независимый от него властитель, да еще и противник реформ?

посмотрите на Соловки: владели крепостными от Мурманска до Урала, собирали с них огромный оброк, да еще так оборзевшие, что начавшие торговать напрямую с англичанами (да еще и во время войны с ними!). Какие им реформы? Петр монастырь брал приступом 8 лет, пока подкупом не удалось открыть ворота.

В доме должен быть один хозяин

По тому, что он творил, на церковь ему вообще было наплевать....

Потому что иначе церковь могла фактически управлять государством...

Двоевластие неприемлимо..

Абсолютизм. Придурковатый царь после разгрома под Нарвой распорядился снимать колокола и пытался отлить из них пушки. Пушек не вышло, но отношения с церковью были испорчены насовсем.
И тогда Петя№1 сделал хитрый финт ушами - основал Священный Синод, разом лишив ПатриархаВсеяРуси всех привилегий, бонусов и плюшек. Ну и спокойно начал секуляризацию церковных земель.

Он ж типа помазанник божий.

старая истинна "не можешь победить - возглавь"

Потому что религия играла важную роль в русской жизни: религиозные деятели могли воздействовать на народ: призывать к миру, оправдывать многие решения власти. Тем самым он хотел укрепить свое влияние не только личным авторитетом, но и через религию