Где приоритетнее по быстрому прогуляться и сфотографироваться в Питере(перелет с пересадкой в Питере, свободных 3,5 часа

3.5 часа - это очень мало. Они, в значительной степени, у Вас уйдут на выход и посадку. Нигде погулять всё равно не успеете. Но если прямо до смерти хочется, то бегом ло Дворцовой площади и сразу обратно. Тут раздолье для фото: Нева, Дворцовый мост, Зимний дворец, Атланты, Невский проспект, здание Главного штаба, колонна Монферанна, Адмиралтейство и пр. Но рискуете.

Столько дополнительных условий - если в городе будет САММИТ, ТО ВСЕ будет перекрыто, в хороших условиях до метро и за 15 минут можно доехать и там 30 минут и в центре города . От Горьковской бы начала путь или от Казанского собора, лучше наземным транспортом, есть троллейбусы и вправо и влево и через мост - набережные очень красивые у нас как раз
Горьковская - это ближайшая к Петропавловской крепости, Казанский собор - рядом станции Невский проспект и Гостиный двор, в аэропорт линия метро СИНЯЯ как раз - станция МОСКОВСКАЯ
Фотографироваться можно на фоне СПАСА-НА-КРОВИ и там рядом есть ОСТАП со стулом даже на Итальянской улице, можно около СФИНКСОВ на Университетской набережной, можно на Дворцовой или около Медного всадника )) Это все в пределах километра - можно и пешком и на такси и на транспорте )

С нашими ремонтами дорог, лучше посидите в кафе в аэропорту...

На метро до Невского и обратно. на Московской смотреть нечего.

смотря какое время суток... если час пик, то вы 3,5 часа будете до центра города от аэропорта ехать, линии метро то нет (
а так... ну, возьмите календарик с видами, что вам больше всего понравится, туда и езжайте. Можно на смотровую площадку Исаакиевского собора залезть, например. Ну, и быстро назад)))

От Пулково до м. Московская-20 мин. ОТ м. Московская до м. Невский проспект-25 мин. Это только в одну сторону. Вот и расчитывайте своё время, максимум прогулятся Эрмитажа и обратно.