Почему иногда в вакансиях пишут "знания JavaScript или JQuery"? По сути JQuery - лишь библиотека для JS.

jQuery не полностью покрывает голое JSово API, так что умейте юзать оба.
А что писать в резюме - от вакансии и от конторы зависит. Если они сами выделяют такие мелочи, как jQuery или тем более JSON, в отдельные пункты резюме - то и вы так же делайте.
Если же вы устраиваетесь вообще не кодером, а программистом, в фирму, где пока еще нет программистов (т. е. будете по сути главным разрабом и общаться не с программистами а с людьми, которым эти ваши jQuery до фени, а нужно им сделать такой-то сайт) - то думаю ясно о чем писать в резюме.

Синтаксис-то разный, так что знание одного не дает знание другого

В вакансиях иногда вообще JavaScript называют Java. И что?
Это работают эйчары, они ничего не понимают в программировании.

Это библиотека, но её что, учить не надо? По ней целые книжки пишут. И если ты знаешь синтаксис и функции jQuery, то это не значит, что ты умеешь писать на чистом JS и наоборот. Я знаю PHP, но не знаю wordpress, хотя второй написан на первом.

По сути СУБД - это всего лишь последовательность байт на диске. Но знание двоичной системы счисления не сильно приблизит тебя к профессии "Администратор Oracle Database Enterprise Edition 12c".

"Знатоки JQuery" часто не знают JavaScript. Набрались где-то рецептов "как сделать то, как сделать это", а без JQuery не могут тупо текст в какой-нибудь захудалый DIV положить.

В свою очередь знатоки JavaScript могут ничего не понять в сайте на jQuery, и даже своим знанием "как это работает на чистом JS" сломать существующую функциональность.