Как работодателю оштрафовать недобросовестного работника за несвоевременно выполненную работу

никак. Трудовым Кодексом РФ штраф не предусмотрен (ст. 192 ТК РФ)
можно наказать, например, объявить замечание или выговор (ст. 189-194 ТК РФ) , если это предусмотрено Правилами внутреннего трудового распорядка и трудовым договором или должностной инструкцией работника. в должностной инструкции должно быть написано, за какое время он должен выполнять какую работу.

иначе - незаконно.

понизить его в должности по итогам аттестации.

Добавлю к ответу Люси, что в положении о премировании, которое должно быть на вашем предприятии, должно быть установлено, при каких показателях работы выплачивается премия и в каком размере. Соответственно, если условия не выполнены, работнику премия не выплачивается или уменьшается. А штраф - это незаконно.

В трудовом кодексе вид наказания -штраф не предусмотрен.

Никак.
Штрафы не предусмотренны ТК РФ и наложение штрафа будет прямым нарушением закона. К недобросовестному работнику, можно только дисциплинарные взыскания применить, обязательно соблюдая порядок. ст. 192,193 ТК РФ

Внимательно изучите СВОЙ трудовой договор с ним. Составте новый. Желательно не сами, а со СПЕЦИАЛИСТОМ по трудовому праву

оштрафовать в прямом смысле этого слова - никак!
Но! Есть одна лазейка: при заключении трудового договора размер заработной платы может оговариваться примерно таким образом:
"Работнику выплачивается гарантированная заработная плата в размере 1000 рублей в месяц (все цифры, естественно, от "фонаря" для примера) и по итогам работы за месяц премиальное вознаграждение в размере 1000 рублей. При не соблюдении работником трудовой дисциплины, либо нарушении правил ТБ или охраны труда, Работодатель вправе на свое усмотрение не выплачивать Работнику премиальное вознаграждение как в полном объеме, так и частично".
Все. Вот вам и "штраф" на законных основаниях.

написать бумажку - ты оштрафован!