Имеет ли право руководитель оплатить переработку надбавкой за интенсивность труда и на основании чего ?

Если я правильно поняла, то под переработкой Вы имете ввиду сверхурочные часы. Оплата сверхурочных и надбавка за интенсивность - две разные вещи, и нельзя одно заменять другим.
По закону сверхурочные часы оплачиваются в повышенном размере (первые два часа в полуторном размере, последующие - в двойном) , либо по желанию работника они компенсируются предоставлением дополнительного времени отдыха (см. 152 ТК РФ) .
Надбавку за интенсивность устанавливает работодатель сам. Порядок выплаты, размер надбавки прописывается в локальном акте организации, например, в Положении об оплате и премировании работников.

Сверхурочная работа оплачивается за первые два часа работы не менее чем в полуторном размере, за последующие часы - не менее чем в двойном размере. Конкретные размеры оплаты за сверхурочную работу могут определяться коллективным договором, локальным нормативным актом или трудовым договором. По желанию работника сверхурочная работа вместо повышенной оплаты может компенсироваться предоставлением дополнительного времени отдыха, но не менее времени, отработанного сверхурочно.
Переработка и надбавка за интенсивность труда - это разные категории. Лучше уж попросите премировать Вас.

в силу положений статьи 91, 99, 152 ТК РФ: нормальная продолжительность рабочего времени не может превышать 40 часов в неделю; продолжительность сверхурочной работы не должна превышать для каждого работника 4 часов в течение двух дней подряд и 120 часов в год; сверхурочная работа оплачивается за первые два часа работы не менее чем в полуторном размере, за последующие часы - не менее чем в двойном размере..

на основании коллективного договора