может ли работодатель не доплачивать зарплату сотрудникам за обеденный перерыв?

Работодатель прав. Оплачивается только рабочее время.

Законно, обеденное время не входит в рабочее время, за которое платит работодатель, если оплата труда повременная.
Вот что говорит об этом трудовой кодекс:
Статья 90.
Рабочее время - время, в течение которого работник в соответствии с правилами внутреннего трудового распорядка и условиями трудового договора должен исполнять трудовые обязанности, а также иные периоды времени, которые в соответствии с настоящим Кодексом, другими федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации относятся к рабочему времени.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

Статья 106. Понятие времени отдыха

Время отдыха - время, в течение которого работник свободен от исполнения трудовых обязанностей и которое он может использовать по своему усмотрению.

Статья 107. Виды времени отдыха

Видами времени отдыха являются:
перерывы в течение рабочего дня (смены) ;
ежедневный (междусменный) отдых;
выходные дни (еженедельный непрерывный отдых) ;
нерабочие праздничные дни;
отпуска.

Статья 108. Перерывы для отдыха и питания

В течение рабочего дня (смены) работнику должен быть предоставлен перерыв для отдыха и питания продолжительностью не более двух часов и не менее 30 минут, который в рабочее время не включается.
Время предоставления перерыва и его конкретная продолжительность устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка или по соглашению между работником и работодателем.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

Статья 129. Основные понятия и определения

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

Заработная плата (оплата труда работника) - вознаграждение за труд в зависимости от квалификации работника, сложности, количества, качества и условий выполняемой работы, а также компенсационные выплаты (доплаты и надбавки компенсационного характера, в том числе за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, работу в особых климатических условиях и на территориях, подвергшихся радиоактивному загрязнению, и иные выплаты компенсационного характера) и стимулирующие выплаты (доплаты и надбавки стимулирующего характера, премии и иные поощрительные выплаты) .