В каком документе указано, что на первый перерыв на работе можно идти через 3 часа рабочего времени?

Ни в каком. Согласно ст. 108 ТК РФ в течение рабочего дня (смены) работнику должен быть предоставлен перерыв для отдыха и питания продолжительностью не более двух часов и не менее 30 мин, который в рабочее время не включается. Перерывы продолжительностью менее получаса должны включаться в рабочее время. При 24-х часовом рабочем дне (суточном режиме работы) продолжительность перерывов для отдыха и питания также не должна превышать двух часов (два перерыва по 1 часу, четыре перерыва по 30 мин. и т. п. ) и оплате подлежат, как минимум, 22 часа. Время предоставления перерыва и его конкретная продолжительность устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка или по соглашению между работником и работодателем. Как правило, перерыв для отдыха и питания предоставляется через четыре часа после начала работы. Внешним совместителям, а также работающим на условиях неполного рабочего времени четыре и менее часов, по соглашению сторон перерыв для отдыха и питания может не предоставляться. На работах, где по условиям производства (работы) предоставление перерыва для отдыха и питания невозможно, работодатель обязан обеспечить работнику возможность отдыха и приема пищи в рабочее время. Перечень таких работ, а также места для отдыха и приема пищи устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка.
http://www.urait-book.ru/search/?q=355280
http://www.ozon.ru/context/detail/id/6269732/

нет такого нигде. Вообще-то перерывы на отдых 10 минут в час при физическом труде

по моему, положение об охране труда.
обеденный перерыв не позднее, чем через 4 часа после начала рабочего дня.
А мелкие перерывы регламентируются внутренним распорядком компании.

Внутренний распорядок рабочего дня есть в каждом предприятии.

Время предоставления перерыва и его конкретная продолжительность устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка или по соглашению между работником и работодателем.

В правилах внутреннего распорядка.