Мужа переводят в другое подразделение. Вправе высчитать из его зарплаты отпускныеили нет, стаж 2.4г?

Работодатель не прав. Отпуск предоставляется за отработанный рабочий год. В вашем случае за рабочий год:
с 06.2010 по 06.2011 -отпуск 28 календарных дней использован;
с 06.2011 по 06.2012 -отпуск 28 календарных дней использован;
с 06.2012 по 09.2012 - не использовано 3х2,33=6,99 дней отпуска. Т. е. вашему мужу должны выплатить компенсацию за 7 дней неиспользованного отпуска. Для более точного расчета, нужно знать дату приема на работу и дату увольнения.

так наоборот, ему обязаны компенсацию за недогулянный отпуск заплатить. 9 дней у него в запасе

Уважаемая Алла! Отпуска считаются за рабочий период. Первый отпуск Вашему супругу полагался в январе 2011 года на 28 календарных дней. Далее второй и последующие отпуска по графику: за период с 06.2011 по 06.2012 года тоже 28 календарных дней. Не знаю точной даты, но получается, что у Вашего супруга еще может быть за 3 месяца периода с 06.2012 по 06.2013 еще (2,33 х 3) 7 календарных дней. То я хочу сказать, что авансом Вашему супругу отпуск не предоставлялся. И вопрос? Почему перевод в другое подразделение осуществляется через увольнение? Я, так, понимаю, что подразделение это тоже часть структуры одного предприятия?

Если не использовал отпуск, то предприятие должно выплатить ему компенсацию.

Судя по Вашим данным у Вашего мужа еще не отгулян отпуск полностью. Что-то Вас дурят, по-моему ?
Удержать по закону могут ТОЛЬКО 20% от всей суммы, которую должен работник. Только 20% !! Остальные 80% по его письменному согласию. Пусть муж узнает за какой период он должен и сколько. Но писать (соглашаться на всю сумму возврата, если таковая будет) НЕ НАДО !!!Может там всясумма то 2руб. 5 копеек. Вот с неё и возьмут по ст. 137 ТК РФ толко 20%. Если больше - незаконно.