Законно ли вычли из зарплаты неверно начисленные бухгалтерией денежные средства в размере 85% от общей суммы выплаты?

Нет, незаконно.
В соответствии со статьей 137 Трудового кодекса удерживать из зарплаты можно:
- аванс за неотработанное время
- аванс, выданный на командировку, неизрасходованный и не возвращенный своевременно
- излишне уплаченные суммы отпуска, взятого авансом (при увольнении)
- излишне выплаченные в связи со счетной ошибкой суммы (счетная ошибка - это ошибка в арифметических действиях, например, 2 +2 = 5).
Других случаев не предусмотрено.
В Вашем случае, работодатель, видимо посчитал, что Вы получили командировочные и не отчитались по ним.
Оставим в стороне тот факт, что при командировке:
а) Вас должны были ознакомить в соответствующим приказом под подпись
б) выдать командировочный лист, на котором необходимо было проставить отметки о прибытии-убытии
в) потребовать отчитаться за выданные командировочные - чего явно не было, т. е. не будем оспаривать сам факт направления в командировку.
Пусть даже Вы действительно с точки зрения работодателя были в командировке и не отчитались по ней.... неважно.

Это не отменяет факта нарушения со стороны работодателя самого порядка удержания, предусмотренного все той же статьей 137 Трудового кодекса.
По закону было необходимо:
а) предложить Вам добровольно возвратить излишне выплаченные суммы (письменно)
б) получить Ваше согласие (опять таки письменное)
в) в течение месяца издать приказ об удержании излишней выплаты из зарплаты (месяц исчисляется с даты, когда Вы должны били отчитаться по командировке - по общему правилу (п. 11 Порядка ведения кассовых операций) - это три рабочих дня со дня возвращения из командировки) ;
г) удерживать ежемесячно не более 20 % зарплаты (статья 138 Трудового кодекса) .

Таким образом (оставив в стороне саму причину удержания) работодатель в соответствии со статьей 137 Трудового кодекса имеет право удержать из зарплаты работника излишне выплаченную сумму только при соблюдении двух основных условий: с согласия работника и при наличии изданного в течение месяца приказа о таком удержании. При этом размер удержания в соответствии со статьей 138 трудового кодекса не может превышать 20 % от причитающихся Вам выплат ежемесячно.

Удержание незаконно, если и удерживать, то только с вашего согласия и не более 25% от з/ты. Командировка и ученический отпуск совершенно разные вещи. Вообще-то и то и другое оформляется приказом, посмотрите приказ по организации, если командировка написана, то бухгалтер виноват и на нее в суд за начисления и незаконное удержание.