Работники прокуратуры и инспекции труда, откликнитесь на крик души!!! Нужна консультация

Понятие кинул очень расплывчатое. Как минимум надо "понимать" юридическую сторону существования филиала. Это отдельное юрлицо, или филиал без образования юрлица и т. д. Есть очень много вариантов. Возможно это самостоятельная организация которая является филиалом по договору (т. е. представляет интересы московской фирмы в Ярославле) ну и т. д.
В общем же случае, если з/п не выплачивали более 2-х месяцев, то наступает ответственность руководителя вплоть до уголовной. Вам надо точно выяснить кто ваш руководитель юридически. Как правило это все можно узнать из круглой печати организации. Там должен быть написан ОГРН. По запросу в налоговую вам ответят что это за организация и кто является ее гендиректором. И вот на этого "товарища" надо писать заявление в Прокуратуру ссылаясь на Статью 145.1. Уголовного кодекса РФ.

Статья 145.1. Невыплата заработной платы, пенсий, стипендий, пособий и иных выплат
1. Невыплата свыше двух месяцев заработной платы, пенсий, стипендий, пособий и иных установленных законом выплат, совершенная руководителем организации, работодателем - физическим лицом из корыстной или иной личной заинтересованности, - наказывается штрафом в размере до ста двадцати тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года, либо лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до пяти лет, либо лишением свободы на срок до двух лет.

2. То же деяние, повлекшее тяжкие последствия, - наказывается штрафом в размере от ста тысяч до пятисот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период от одного года до трех лет либо лишением свободы на срок от трех до семи лет с лишением права занимать определенные должности или заниматься определенной деятельностью на срок до трех лет или без такового.