если на рабочем месте отсутствовал 3 часа считается это прогулом или нет

Это опоздание, а не прогул

Да.
Пишешь обьяснительную, дальше на усмотрение директора.

В России прогул - это единовременное отсутствие более 4 часов без уважительной причины.

Прогулом считается отсутствие на работе 4 и более часов, а у вас опоздание.

отсутствие на работе 3 часа - не прогул
это опоздание - за него могут вынести замечание
прогул - отсутствие на работе без уважительных причин БОЛЕЕ 4 часов ПОДРЯД
за прогул вправе уволить п 6а ст 81 тк
за опоздание - сделать замечание
если два замечания - вправе уволить за ненадлежащее выполнение обязанностей п 5 ст 81 тк

Статья 81. Расторжение трудового договора по инициативе работодателя
Трудовой договор может быть расторгнут работодателем в случаях:

....6) однократного грубого нарушения работником трудовых обязанностей:
а) прогула, то есть отсутствия на рабочем месте без уважительных причин в течение всего рабочего дня (смены), независимо от его (ее) продолжительности, а также в случае отсутствия на рабочем месте без уважительных причин более четырех часов подряд в течение рабочего дня (смены);
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
б) появления работника на работе (на своем рабочем месте либо на территории организации - работодателя или объекта, где по поручению работодателя работник должен выполнять трудовую функцию) в состоянии алкогольного, наркотического или иного токсического опьянения;
(пп. "б" в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
в) разглашения охраняемой законом тайны (государственной, коммерческой, служебной и иной), ставшей известной работнику в связи с исполнением им трудовых обязанностей, в том числе разглашения персональных данных другого работника;
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
г) совершения по месту работы хищения (в том числе мелкого) чужого имущества, растраты, умышленного его уничтожения или повреждения, установленных вступившим в законную силу приговором суда или постановлением судьи, органа, должностного лица, уполномоченных рассматривать дела об административных правонарушениях;
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)
д) установленного комиссией по охране труда или уполномоченным по охране труда нарушения работником требований охраны труда, если это нарушение повлекло за собой тяжкие последствия (несчастный случай на производстве, авария, катастрофа) либо заведомо создавало реальную угрозу наступления таких последствий;
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)....

Насколько я знаю, четыре часа - это прогул. Нам так преподавали.

да