Новостной заголовок: "Веротерпимость победит экстремизм". Так кто кого победит?

В таких спорных случаях считантся, что подлежащее расположено на первом месте. Но Лион прав, что лучше избегать подобных двусмысленных предложений.

Трудно не согласиться с г-жой Еленой: порядок членов предложения в русском языке свободный. Вспомним известную фразу из букваря и запишем все возможные варианты:
1) Мама мыла раму
2) Мама раму мыла
3) Раму мама мыла
4) Раму мыла мама
5) Мыла раму мама
6) Мыла мама раму
На первый взгляд во всех предложениях говорится об одном и том же событии, но в каждой фразе свой индивидуальный акцент. Если спросить: “Что делала мама? ” ,- то естественный ответ №2. На вопрос “Кто мыл раму? ” лучше ответить №4 и т. д. , и т. п.
Если нет определенного вопроса и не нужно предавать фразе особую эмоциональную окраску, то порядок членов предложения: подлежащее-сказуемое-дополнение.
В заголовках серьезных публикаций используют естественный порядок слов, в провокационной прессе любят двусмысленности.

Я думаю правила русского языка не регламентируют эту ситуацию.
В английском порядок слов фиксированный, в русском почти свободный и обычно отношения между словами определяются окончаниями. Но не всегда.
Таких примеров много.
Добро побеждает зло.
Бабло побеждает добро.

Утвердать, что последнее слово главнее (и оно становится подлежащим) нельзя. Это перекрывается если специально поставить ударение на другое слово.

По правилам русского языка победитель здесь непонятен, потому что в нашем языке порядок слов в предложении свободный, и поэтому не ясно, какое из двух существительных в этом предложении является подлежащим, а какое - дополнением.
Желающему внести смысл в предложение следует его немного изменить; например, так: "Экстремизм будет побеждён веротерпимостью".