Анализ фонемного состава - какой он?

Нет, немного не так: фонемный анализ (анализ фонемного состава слова) и транскрипция МФШ/ПФШ - это не совсем одно и то же. Важно понять, что такое фонема (как тип, категория, структура) вообще.

Л. В. Щерба понимал фонему как звуковой тип, способный дифференцировать слова и их формы. Оттенок фонемы - как реально произносимые различные звуки, являющиеся тем частным, в котором реализуется фонема.

Именно Л. В. Щерба объединил исследования своих предшественников, структурировал знания о таком языковом феномене как фонема и стал основоположником фонемного анализа.

Фонемный анализ слова производится по соответствующему плану
(см. поисковики) .

Транскрипция - это лишь вариант записи звуков, звучания фонем, определёнными значками (знаками) .

http://www.refu.ru/refs/29/5077/1.html

Фонематический принцип базируется на понимании фонемы как функциональной единицы. Звуки представляющие одну и ту же фонему, акустически могут быть разными и наоборот, один и тот же звук может быть реализацией разных фонем.

Так, например, звуки [о/а /ъ] в корне слов воды, водянка, водяной- позиционные “представители” фонемы, <о> так как свое название и обозначение фонема получает по своему основному звучанию, т. е. по сильной позиции.

Другими словами, в процессе письма мы идем от звучания морфемы к её фонемному составу и только от него к буквам. Звук в сильной позиции однозначно указывает на фонему, которой он принадлежит, поэтому, обозначая на письме звук в сильной позиции, пишущий сразу же идет от уже известной фонемы к букве. Он действует по правилам графики.

При выборе букв обозначения звуков слабых позиций положение пишущего существенно сложнее. Прежде чем обозначить звук буквой, ему необходимо выяснить, какой фонеме принадлежит звук. При обозначении звуков слабой позиции приходится выбирать букву из нескольких возможных путем постановки звука в сильную позицию.

Только от звука в сильной позиции есть прямой переход к букве. Запись транскрипции помогает правильному "слышанию" "разницы" в качестве и характере звука.

http://a-struchkova.ag-tiksi.edusite.ru/p25aa1.html