Подскажите, когда применять Past Perf. Continuous...

Ни одно не подходит. Добавьте к третьему "я готовил обед уже три часа" и будет Past Perf. Continuous.
1.Время Past Perfect Continuous передает длительное действие, которое началось до определенного момента в прошлом и продолжалось в этот момент. В предложении обычно указывается продолжительность действия (при помощи for) или начало длительного действия (при помощи since). Также момент в прошлом очень часто представляет собой другое действие:

She had been cooking for an hour when I came. – Она готовила уже час, когда я пришел. (и продолжала готовить)

She had been training for a few months and was very fit when I met her. – Когда я ее встретил, она тренировалась уже несколько месяцев и была в отличной форме.

Время Past Perfect Continuous нередко путают с другим прошедшим временем – Past Continuous. Оба времени выражают длительное действие в прошлом, единственное различие состоит в том, указано ли, как долго оно совершалось. Если продолжительность действия не указана, следует выбрать Past Continuous:

I was talking on the phone when he entered the room. – Я разговаривал по телефону, когда он вошел в комнату.

Если продолжительность действия указана, выбираем Past Perfect Continuous:

I had been talking on the phone for half an hour when he entered the room. – Я разговаривал по телефону уже полчаса, когда он вошел в комнату.

Продолжительность действия показывает нам то, что за это время уже достигнут какой-то результат, а это и есть суть любого перфектного времени.

2.Время Past Perfect Continuous используется для выражения длительного действия, которое началось до определенного момента (или действия) в прошлом и закончилось прямо перед ним. Как правило, результат этого действия так или иначе влияет на упомянутый момент в прошлом. В этом случае показатель длительности действия не всегда присутствует в предложении.

They had been discussing some important matters and he looked upset after that conversation. – Они обсуждали какие-то важные дела, и после разговора он выглядел расстроенным.

It had been snowing the whole night and the road was very slippery when I started my way. – Всю ночь шел снег, и дорога была очень скользкой, когда я отправился в путь.

They had been walking in the forest and came back in a very good mood. – Они гуляли в лесу и вернулись домой в прекрасном настроении.

Вообще-то на подобный ваш вопрос я уже ответил (и получил ЛО) , но здесь меня заинтересовала последняя фраза.
Если бы она выглядела чуть-чуть по-другому: Придя домой, она увидела что я ГОТОВЛЮ обед,
то можно уверенно сказать, что здесь следует использовать Past Continuous, т. к. приготовление обеда происходит в тот момент, когда женщина пришла.
Вашу же фразу можно истолковать так: она увидела, что я начал готовить обед раньше, занимался этим какое-то время и до самого момента ее прихода.
Тогда, очевидно, здесь нужен Past Perfect Continuous.
А вот если бы было написано ...увидела, что я уже приготовил обед - то здесь используем Past Perfect.

3-й вариант

по-моему никакой. past perfect обозначает действие до какого то момента в прошлом. а континиус просто обозначает что был процесс