Почему, по какому правилу, нужна запятая после слова "непонятным" в предложении (см внутри)

Запятая перед союзом КАК ставится в трех случаях:
1. Если этот союз входит в обороты, близкие по роли в предложении к вводным словам, например: КАК ПРАВИЛО, КАК ИСКЛЮЧЕНИЕ, КАК СЛЕДСТВИЕ, КАК ВСЕГДА, КАК СЕЙЧАС, КАК НАРОЧНО, КАК НАПРИМЕР, КАК ТЕПЕРЬ: Утром, как нарочно, начался дождь;
2. Если этот союз соединяет части сложноподчиненного предложения, например: Мы долго смотрели, как тлеют угли костра - это Ваш случай - сложноподчиненное предложение с придаточным изъяснительным.

СПРАВКА
Сложноподчиненные предложения с придаточными изъяснительными

Придаточные изъяснительные отвечают на падежные вопросы и присоединяются к главной части союзами (что, как, будто, как будто, как бы, чтобы, ли, не — ли, ли — или, то ли — то ли и др. ) и союзными словами (что, кто, как, какой, почему, где, куда, откуда, зачем и др.) :
Я хочу, чтоб к штыку приравняли перо (В. Маяковский) — средство связи — союз чтоб.
Я не знаю, хочу ли я идти с ними — средство связи — союз ли, который, подобно сочинительным союзам же, тоже, также, стоит не в начале части.
Говорили, что будто бы он пристрастился коллекционировать курительные трубки. (А. Н. Толстой) — средство связи — составной союз что будто бы.
Я спросил, идет ли он со мной, или мне идти одному — средство связи — двойной союз ли — или.
Один бог разве мог сказать, какой был характер у Манилова (Н. В. Гоголь) — средство связи — союзное слово какой, входящее в состав сказуемого.
Грустно видеть, когда юноша теряет лучшие свои надежды и мечты.. . (М. Ю. Лермонтов) — средство связи — союз когда.

Придаточные изъяснительные относятся к одному слову в главной части — глаголу, краткому прилагательному, наречию, отглагольному существительному со значением речи, мысли, чувства, восприятия:

Я обрадовался / выразил удивление / был рад, что он пришел.
Хорошо, что он пришел.

В главной части может находиться указательное слово то в разных падежных формах: Я был рад тому, что он пришел. В этом предложении слово тому может быть опущено, поэтому придаточное относится к прилагательному рад.

Однако в некоторых СПП с придаточными изъяснительными указательное слово в главной части является обязательным компонентом структуры предложения; напр. : Все началось с того, что вернулся отец. Такие придаточные относятся именно к указательному слову, в качестве которого может выступать только слово то. Эта особенность сближает такие предложения с местоименно-определительными, использование же союза, а не союзного слова позволяет отнести их к изъяснительным.

Изъяснительное придаточное обычно находится за тем словом в главной части, к которому относится, но изредка, преимущественно в разговорной речи, она может располагаться и перед главной частью:
Что он не придет, мне было ясно сразу.
Придаточное изъяснительное занимает позицию, соответствующую дополнению или подлежащему; в комплексе 2 ему соответствуют придаточные дополнительное и подлежащное.

3. Если в предложении есть обстоятельство, выраженное сравнительным оборотом, который начинается с союза КАК, например: Ее голос звенел, как самый маленький колокольчик;
Обратите внимание: если предложение продолжается после оборотов с союзом КАК, то необходимо поставить еще одну запятую в конце оборота. Например: Внизу, как зеркало, блестела вода; Мы долго смотрели, как тлеют угли костра, не в силах оторваться от этого зрелища.

Запятая отделяет придаточное изъяснительное от главного:
Кажется непонятным (что?) , как он пронес эту бурю с собой,

Это сложноподчененное предложение.

Тут идет пояснение того, что кажется не понятным.