Что касается произношения, то оно для языка первично. Буква "ё" - всего лишь способ передачи звука [о] после согласного [j] (кроме таких слов, как "йод", "йогурт" и т. п. ) и после мягких согласных: [jожък] , [п'jот] , [л'охкиj] (ну и после твёрдых шипящих в ряде случаев) .
Под угрозой исчезновения из алфавита "ё" оказалось, прежде всего, из-за графического сходства с "е". Как назло, ударный звук [o], обозначаемый этой буквой, входит в систему исторического чередования с безударным [е] , например, "легко - лёгкий", "несу - нёс" и т. д. Это усугубило ситуацию.

почему в слове йод пишем д на конце, а не т как говорим - "йот" же? в чем здесь принципиальная разница?