Что учитель скажет в конце урока: thank you for your job или thank you for your work?

Фраза, которую вы привели, сочинена русскими и наверняка взята из учебника по преподаванию англ.яз-а в школе. Американский учитель мог бы сказать Great job! Thanks! (Но он это скажет, если вы действительно хорошо поработали, а не потому что его так написано в его методичке или плане). Но в такой фразе job не означает конкретно учебу, это выражение похвалы.

Когда речь идет об учебе, говорят studies. Можно сказать, например, так: I work hard in my studies. (перевод: Я усердно (много) учусь).

А вообще о разнице между job и work справьтесь в англо-английских словарях или наберите в Гугле job vs work.

В интернете нашла, на мой взгляд, очень толковое объяснение разницы между этими двумя словами:

My job is that which I have been hired to do, and for which I receive either a salary or hourly wages. My work is what I do on (or for) my job, what keeps me busy at home, or the central activity of my life. However, in the context of a job, one says: "I'll stop by after work"; "Where do you work?"; "What kind of work do you do?" But never: "I've been fired from my work," or "I lost my work today." Only "job" fits in those sentences.
There are a few instances where the notions of job and work are interchangeable: "Painting the house is a tough job,"; "Painting the house is hard work."

По логике вещей, Thanks должны говорить ученики учителю. За то что он передает свои знания и опыт.

Если учитель хочет похвалить учеников за хорошую работу на уроке, то может просто сказать "Good job!" или "Good work!".