Почему тараканов прозвали прусаками?

Потому что научное, латинское название этого насекомого - Blatella Germanica. Чёрного таракана (Blatta Orientalis) никто прусаком не назовёт.
Интересно, что однажды я встретил в подмосковном лесу насекомое, крайне похожее на домашнего рыжего таракана, но совсем чёрное - оно бегало по веткам дикого малинника и непринуждённо порхало с ветки на ветку. Спросил у специалиста - он мне пояснил, что в подмосковных лесах много видов лесных тараканов, они относятся к роду Blatella, но не к тому виду (Blatella Germanica), что домовые рыжие тараканы.
Так что "германскими" рыжих тараканов сочли вовсе не русские, а, поди, сам Карл Линней...

усы у них длинные, как у прусских офицеров

Наименование в просторечии «прусак» происходит от мнения, что этот вид насекомых попал в Россию из Пруссии (Германии). В то же время в самой Германии и Чехии этих насекомых называют «русскими» (нем. Russen, чеш. Rus), полагая, что они были завезены из России.

Прусаки - возможно из-за внешнего вида. Тараканы, возможно, искажение слова - тараханы (тарханы). Возможно, настоящая фамилия Таракановой - Тараханова (Тарханова), т. е. более позднее искажение слова Тараханова. Название усадьбы где жил Лермонтов М. Ю. - Тарханы схожее с Тьматараханью (иностранцы называли - Тьмутаракань). Сейчас Тьматарахань - это Тамань, ранее называвшаяся Атамань. Так названо и одноимённое произведение М. Ю. Лермонтова.