Почему при написании японских слов на латинице как звук "с" используется сочетание "sh"?

Тут дело в том, что есть две разные транскрипции японского, киридзи (для кириллицы) и ромадзи, для латиницы (по сути английская).
Создавались разными людьми и, вероятно, в разных местах, т. к. русские входили в Японию с севера, а европейцы с юга.
Звук записываемый как Си или Shi промежуточный. К тому же учтите, что русское правило "Жы-Шы пишем через и" в других языках не действует, и Shi по-английски не звучит как "шы", скорее как "щи".
Кстати, есть такой сайт forvo.com, на котором можно послушать произношение слов на разных языках, причем от нескольких носителей. Можете заглянуть.
Сделал навскидку слово Sushi. Действительно, житель Хоккайдо произносит его как суси, южане же - как "сущи"

Тут вот какая ерунда - оно читается никак ш, ни как с. Это что-то среднее, не имеющее аналогов ни в русском, ни на латинице. В итоге заменяй хоть на с при написании, хоть на ш, это условно, реальное звучание нужно ставить отдельно, а не ссылаться на звучание языка, который используется при транскрипции.

С японского на русский - "с" (Кобаяси), с японского на английский - "sh" (Kobayashi). Но не надо через зад (с японского на русский через английский). Аналогично с другими языками: renault и mulinex- это не ренаульт и не мулинекс, а рено и мулине. Всё от повальной безграмотности населения.