Какой вариант верный и почему? (Имеется ввиду время)

"Я везде встречаю второй вариант, но ведь прошедшее предшествует прошлому.. почему не had, а did"
-----------------------------
И дальше еще много раз встретите. Здесь все просто - последовательность событий в прошлом - работали в одной компании, потом пришли в другую, третью и т д То же самое Вы скажете про себя - Я встала, умылась, выпила кофе и пошла на работу. Past Simple. И так понятно, что сначала встала, потом умылась... had не нужен!

имеется
в
виду
(всё раздельно)

Потому что тут и без перфекта ясно, что одно действие произошло раньше другого.

В случае с простой цепочкой событий достаточно Past Simple.

Зависит от того, что именно требуется сказать или спросить - Если суть вопроса состоит в том чтобы узнать в КАКОЙ компании вы работали или работали ли вобще - то достаточно обычного времени (did).
Если бы суть вопроса состояла в том СКОЛЬКО вы там отработали или имел значение сам ФАКТ законченности вашей работы где-то, то потребовался бы had. Например:
ГДЕ работали? - Where did you work?/// Там-то и там-то...
Работая там-то и там-то вы выполнили весь объём работ по вашему контракту прежде чем уволились оттуда? Had you done all what took on youself before you went from there? Yes I had..

Второе верное, потому что "работали" прошедшее законченное время Past simple - did

Второе верное. Это прошедшее время. Слово did нам об этом говорит.
"В какой компании вы работали..." то есть использовать обязательно прошедшее время. Первое написано с ошибкой, явно.