Почему два пути, не два путя?

Патамушта правильно говорить:" Две путе"

В настоящее время среди существительных мужского рода второго склонения наиболее распространены два окончания: -ы/-и и -а/-я. Использование того и другого окончания определяется рядом факторов:
а) окончание -а/-я имеют существительные, обозначающие парные понятия:
глаза́, рукава́, обшлага́;
б) большинство односложных слов имеет во множественном числе окончание -ы/-и (ПУТИ, торты, флоты, шумы), но возможны и исключения (дома́, сорта́);
в) окончание -а/-я, как правило, имеют во множественном числе двусложные слова с ударением на первый слог.
Ср.: ка́тер – катера́, шо́мпол – шомпола́.

еще одно доказательство того, что правила по сути никому не нужны, кроме как на этапе подготовки к наработке языковых навыков...

сразу анекдот вспоминается. бородатый.
Дежурный по вокзалу объявляет:
- Граждане пассажиры! Поезд 314 Москва - Воркута двигается по
первому путю. Тю! Не по первому путю, а по пятому путю! Извините,
граждане пассажиры! Не по путю, а по путе. Ой, что я говорю! Граждане
пассажиры! Не по путю и не по путе, а по рельсе. Извините, граждане
пассажиры! Пока я с вами тут шутю, а поезд на Воркутю - тю-тю!

Это исключение, склоняется по 3-му склонению.

наверное это исключение

Путей много (они - двойники).

Правильно говорить два путЯ т. к. по правилам русского языка слово в мужском роде с окончанием на мягкий знак при упоминании в множественном лице приобретает "я" на конце
два автомобиля, три поршня, четыре корабля и т. д.
но допускается говорить и два путИ