Почему все маты пошли от интимных мест человека?

Потому что у славян - большой мозг. А там, где большой мозг, там задница считается чем-то нехорошим. И о ней вспоминают только в нехороших ситуациях.

В западной Европе мозг маленький, поэтому там задница считается хорошей. И когда западному человеку плохо, он ругает не задницу, а ругает мозг - ругает благородство, ругает вдохновение, ругает честность. Точнее, он даже не знает таких слов. Он просто ругает деву Марию, которая является воплощением всех этих качеств

Нецензурные слова и выражения были введены в 17 веке специальным указом царя Алексея Михайловича, повелевшего отныне почитать три русских слова (означающие мужской внешний половой орган, женский внешний половой орган и половой акт) похабными, запретить их употребление (а равно и всех производных от них) в общественных местах и в печатных изданиях - контроль за исполнением последнего пункта был возложен на Государеву Цензуру, посему слова эти стали именовать нецензурными или непечатными.
Четвёртое слово, которое мы ныне почитаем похабным, изначально в список не вошло - его причислили к похабным позже. Впрочем, в церковно-славянском языке оно поныне остаётся богослужебным, хотя при этом и бранным: на врагов нашей святой истинной веры тоже приходится браниться... Перечитайте рассказ А. И. Куприна "Анафема".
А слова, которые употреблять не полагается, почти автоматически становятся бранными - служат выражением особо сильных эмоций. Вспоминаю, как когда мы были на научном симпозиуме в Вильнюсе (мне тогда было 22) - один из моих соседей по гостиничному номеру вечером появился с восторженным криком: «Мужики, я выяснил самое главное: как по-литовски будет "*** твою мать!": это звучит у них как Jesus Maria»... И действительно - потом я замечал, что литовцы используют это восклицание, греховное для католика (попирающее заповедь "не поминай всуе") именно в таких же случаях, когда русские "поминают какую-то мать"...

Гермес придумал для Зевса)

Я не уверен, но должно быть это связано с корнем слова "матерные", от слова "мать" происходит и теми явлениями которыми сопровождается становление матери. Есть же просто ругательства и там есть слова которые не связаны с органами и их действами так скажем и прочих характеристик связанных с этим и эти слова уже чаще не связаны с данными явлениями )

Смею Вас разочаровать: в русском языке, в том числе и маты, не несут в себе плохого значения. Чтобы в этом убедиться, необходимо обратиться к арабскому языку, который является хранителем корней русского языка. Так само слово МАТ образовано от корня МТТ - “тянуть”, интенсив которого (удвоение средней корневой) дает глагол маттат (а) “сильно ругать” (ср. в русском: протянуть кого-либо, то есть “подвергнуть критике”). Не сильно далёкое эротическое путешествие на арабском "хиди нахийа" по-арабски означает “отойди в сторону”. Корень БЛД среди прочих дает глагол "табаллад" со значением “всплеснуть руками от боли или досады”, это именно то, что мы восклицаем, когда ударим себя молотком по пальцам. А рабский корень ХЙЙ или ХВЙ имеет значение “жизнь” или “давать жизнь”. От него же и арабское название женщины: Ева, по-арабски Хава (это для тех молодых людей, которые вместо "пошёл кушать" говорят "пошёл хавать"). Ёба — корень, который на самом деле означает “О, отец мой! ” (в арабском звучании "йаба").
Другое дело, что со временем эти выражения стали ассоциироваться с проявлениями низших энергий, как наиболее экспрессивные и сочные. Поэтому послать на три буквы сейчас действенней, чем вежливо сказать : "не мешай, освободи дорогу, пожалуйста!"