Когда правильно говорить "дыра", а когда "отверстие"? В чём разница? У человека имеются естественные дыры или отверстия

Дыра - разговорное слово,
отверстие - наукообразное.

Дыра образуется сама, а отверстие проделывать приходится... У человека - отверстия, а дырка - в носке...

у технарей дыра это отверстие которое не вписывается в допуск, или сделано не качественно

отверстие запланированно а дыра случайно появляется

Отверстие возникает изнутри, дыра образовывается снаружи.

дыра сквозная. в друшлаке, в кармане, в сите.
отверстие имеет дно и границы. В дыру можно выронить, в отверстие вложить

дыра в кармане, а отверстие в голове

Почему то черная дыра - научный термин, отверстие не подходит, у человека проходы есть, функциональные, это на один последний вопрос ответ, первые два вопроса с третьим не связаны, говорят как удобно и понятно

Дырка – брешь в чем-​либо или отверстие, не имеющее определенной функциональной роли.

Отверстие – полое сквозное пространство внутри чего-​либо.

Сравнение
На первый взгляд и отверстием, и дыркой можно назвать небольшой проем в материи, будь то металл, дерево, ткань, резина и т. д. Однако, прислушавшись к себе, можно отметить, что слово «дырка» вызывает у нас скорее негативную реакцию. Ведь с ним ассоциируются испорченные предметы гардероба, случайно поврежденные веткой дерева, гвоздем или неосторожным движением. При слове «отверстие» нам в первую очередь придет на ум проем окна в возводимом здании или просверленное гнездо для шурупа – в общем, то, что сделано с определенной целью. Таким образом, отверстие, в отличие от дырки, наделено определенной функциональной ролью. Приведем примеры в форме небольшой таблицы.
Пример употребления слова «дырка» Пример употребления слова «отверстие»
Дырка от бублика (устойчивое выражение) Пулевое отверстие (в криминалистике)
В любую дырку прошмыгнет (разг.) Отверстие в стене (при ремонтных работах)
Дырка на любимых джинсахОтверстия для глаз в маске
Дырка на дырке (разг.) Камень со сквозным отверстием
Отверстие относится скорее к разряду технических терминов и условно применяется для обозначения составляющих элементов различных деталей. Слово «дырка» мы привыкли употреблять в разговорной речи. Однако немногим известно, что дыркой в физике называется квазичастица с положительным зарядом, а также отсутствие в оболочке электрона. Последнее обозначение используется и в квантовой химии.

Выводы TheDifference.ru
Отверстие имеет определенное целевое предназначение, дырка же ассоциируется со словом «брешь» и вызывает преимущественно негативную реакцию.
Отверстие относится к разряду технических терминов, слово «дырка» употребляется в основном в разговорной речи.
Дыркой в физике называется квазичастица с положительным зарядом, а также отсутствие в оболочке электрона. Последнее обозначение используется и в квантовой химии.

ОТВЕРСТИЯ ЕСТЕСТвенны а вот ДЫРКИ - ЭТО ИСКУССТВЕННО

Это байка столяров и прочих гаражных войск, сделанное инструментом - отверстие, а у человека дырка.

Как хочешь, так и называй, но на мой взгляд это не "дыры".
Это естественные составляющие человеческого тела

Это биологические отверстия. Дыры в пещерах дракона.