Как правильно: обвел цифру черной ручкой или черной пастой?

Могу себе представить черную ручку с красным стержнем.

От стиля речи зависит. В бытовом разговорном "чёрной ручкой" - нормально.

Черными чернилами.

---------------------------------------------
Чёрной пастой. "Чёрной ручкой" используеться только в конструктциях где уже есть слово "ручка", например, ручка с чёрной пастой.
---------------------------------------------
---------------------------------------------
---------------------------------------------
Тогда писатель вымарал ненавистную надпись черной пастой, а сверху поставил свою личную печать ― жирную латинскую «N» и маленькую русскую «я». [Происшествия // «Столица», 1997.03.04].
---------------------------------------------
---------------------------------------------
---------------------------------------------
Муж сидел за столом, склонившись над листами с отпечатанным на машинке текстом, и правил его черной пастой. [Александра Маринина. Иллюзия греха (1996)].
---------------------------------------------
---------------------------------------------
---------------------------------------------
Простым карандашом. Красным карандашом. Черной пастой. Хорошо бы еще научиться читать. Простые, знакомые вроде бы все слова, но ― не складывались, не сопрягались. [Евгений Шкловский. Недуг (1990-1996)].
---------------------------------------------

---------------------------------------------

---------------------------------------------

без разницы

Может уж тогда черными чернилами? Паста ведь только у шариковых ручек )))

Чёрной ручкой. "Чёрной пастой" используется только в конструкциях где уже есть слово "ручка", например, ручка с чёрной пастой.
---------------------------------------------
Тогда писатель вымарал ненавистную надпись черной ручкой, а сверху поставил свою личную печать ― жирную латинскую «N» и маленькую русскую «я». [Происшествия // «Столица», 1997.03.04].

Муж сидел за столом, склонившись над листами с отпечатанным на машинке текстом, и правил его черной ручкой. [Александра Маринина. Иллюзия греха (1996)].

Простым карандашом. Красным карандашом. Черной ручкой. Хорошо бы еще научиться читать. Простые, знакомые вроде бы все слова, но ― не складывались, не сопрягались. [Евгений Шкловский. Недуг (1990-1996)].

Пастой.

Паста