have to wait в паст перфект континиусе будет had been having tо wait?

Да, немного запутанно. Есть два возможных варианта.

1. We had to wait for two hours before another train came.
Нам пришлось ждать два часа следующего поезда.

В этом предложении глагол have используется в модальном значении (вынужденного) долженствования, но не является вспомогательным глаголом. Had -- форма Past Indefinite.

В данном значении (долженствование) have является модальным глаголом и не может использоваться во временах группы Continuous и Perfect Continuous.

2. We had been waiting for two hours before another train came.
Мы прождали два часа, прежде чем пришел следующий поезд.

В этом предложении have -- вспомогательный глагол, часть формы Past Perfect Continuous. Это время используется, так как ждали от некоторого момента в прошлом и до прихода поезда. Прошлое в прошлом.

Дополнение. We had to have been waiting -- неграмматично (нарушает правила грамматики, и так не говорят). Глагол have (в данном контексте) не следует путать с must, should и прочими, за которыми может следовать перфектный инфинитив. Have тоже используется с перфектным инфинитивом, но в значении "должно быть" (а не в значении "приходиться"). This has to be true. This has to have been true.

I had had to wait

Я бы не заморачивалась и использовала прошедшее простое время: We had to wait...,потому что это уместно, а усложнение здесь только запутывает ситуацию, делая её почти анекдотичной. Но первый ответчик блестяще всё Вам разложил.

Здесь have - модальный глагол, и как модальный глагол он используется преимущественно во временах группы Indefinite, в Perfect Continuous он уж точно не используется. Зато следующий за ним инфинитив очень даже может: We had to have been waiting for two hours before another train came.