Как грамотнее написать?

Творительный падеж в именной части сказуемого выступает обычно в сочетаниях с глаголами, имеющими общее значение эпизодического пребывания в состоянии обнаружения,
проявления, перехода из одного состояния в другое, то есть с полузнаменательными глаголами. В современном русском языке в конструкциях с полуотвлечёнными связками форма
творительного падежа является господствующей: "Луна была за тучками, и сквозь маленькое окошко сугробы снега казались ЧЕРНО-СИНИМИ".
Таким образом, если мандарины были когда-то свежими, а потом испортились, то мы говорим (и пишем) "Мандарины были НЕСВЕЖИМИ.
А именительный падеж в составе именного сказуемого
выражает постоянный или длительный признак, присущий предмету-подлежащему: "Некоторое время Иван Фёдорович сидел мрачный, не в силах говорить".

В современном русском чаще встречается модель: "Мандарины были несвежие".
"Мандарины были несвежими", - на мой взгляд, выражение чуть книжное, устаревшее, излишне официальное.

Первое лучше.

Чем меньше насилуем слово падежами и пр., тем торжественнее, официальнее, уважительнее и холоднее звучит ("несвежие").

Наоборот, чем больше насилуем слово, тем пренебрежительнее, но дружелюбнее и интимнее оно звучит ("несвежими").

Для официального документа больше подходит первый вариант.

Пропастиной торгуете!

Без разницы.

Смотря - что подразумевается. "Какие были мандарины" - мандарины были несвежие (как были несвежие, так и остались таковыми, это их свойство), или - "какими были мандарины" - мандарины были несвежими (были несвежими - стали свежими, это не их свойство).

И так, и так. Но я предпочитаю 2