Почему после until идет past perfcet? The professor told me not to come until I had learned all the material

Все предложение в прошедшем времени, поэтому past.
Речь идет о ситуации, которая должна иметь отношение к описываемому событию, но следовать ранее события и закончиться к моменту его начала, поэтому perfect.

Direct-indirect conversion
При переводе прямой речи в косвенную, временная форма сдвигается на шаг в прошлое, кроме следующих случаев:
Если слова автора в настоящем или будущем времени. He will say that he has been there before. Он скажет, что уже был здесь.
Действие в Past Perfect (Continuous) или в Future-in-the-Past.
Обстоятельства времени не изменились. He said that he bought it yesterday. Он сказал, что купил это вчера.
Утверждение всегда верно. The teacher said that water boils at 100 C. Учитель сказал, что вода кипит при ста градусах.
Утверждение верно длительный период времени или в текущем отрезке времени. She said that she loves you. Она сказала, что любит тебя.
Сообщение повторяется сразу же. He said that the food is delicious. Он сказал, что еда изыскана.
В условных предложениях 2 типа. He said that if he were you, he wouldn’t do that. Он сказал, что на твоём месте он не стал бы этого делать.
Желаемые события. She said she wished she were younger. Она пожалела о том, что она не моложе.
Глагол ought to. He said they ought to be careful. Он сказал, что им следует быть осторожней.
Глагол must в значении «должно быть». He said that they must be at home. Он сказал, что они должно быть дома.
Для передачи общих вопросов используется if или whether. Вопросительные предложения передаются с прямым порядком слов: He asked me if/whether they were at home. С глаголом-связкой порядок может быть обратным: He asked me what was the price.
При сдвиге временной формы глагола в прошлое, в косвенной речи, по ситуации, изменяются обстоятельства места и времени, местоимения, а также, происходит отстранение от эмоций:
this – that, these – those, here – there, now - then (at that moment, at once, immediately), come – go, today – (on) that day, yesterday – the day before(earlier), tomorrow - (on) the next (following) day, last night – the previous night, last week – the week before, ago - before(earlier), next week – the next (following) week, now that – since, so – very, yes/no – answered in the positive/negative, he - that man, we - they.
Если из прямой речи лицо не известно, используется местоимение they, а в словах автора wanted to know, wondered:
He said: “Come here”. – He told them to come up to him.
He said: “Where are you going?” – He wanted to know/wondered where they were going.
Кроме слова said используются глаголы, выражающие характер прямой речи: agree + to-inf,
demand, offer, promise, refuse, threaten, claim, advise + sb + to-inf, allow, ask, beg, command, encourage, forbid, instruct, invite sb, order, permit, remind, urge, warn, want, accuse sb of + -ing form, apologise for, admit (to), boast about, complain to sb about, deny, insist on, suggest, agree + that-clause, boast, claim, complain, exclaim, explain, inform sb, promise, suggest, explain to sb + how.

Здесь два правила - времена в придаточных времени и согласование времён.
had learned здесь вместо will have learned (Future Perfect) по этим правилам.

Sequence of tenses - правило. Действие в придаточном предложении предшествует действию в главном, поэтому past perfect. Просто в русском языке нет согласования времен и нет эквивалентной past perfectу структуры, поэтому past perfect после таких союзов, как untill, as soon as, after и т.д. на русский язык часто переводится глаголом будущего времени, что может иногда запутать.