Откуда возникли нюансы в произношении? Кому-то удобно было говорить одно, а писать -- немного иначе?

А теперь представьте, что Вы японец. :) Зачем нужны звуки "в" и "л", когда есть "б" и "р"? Почему допускается ставить рядом две или более согласных, не раздлеляя их гласными? Короче, почему "Волво", когда очевидно, что нужно "Боробо"? :)

И наоборот -- представьте себе, что Вы бушмен. И удивитесь: как все эти люди живут без щелкающих звуков???

А если серьезно, Вы смешали в кучу два разных вопроса: (1) как получилось, что в разных языках разных набор звуков?, и (2) как происходит дивергенция (образование говоров, дивлектов и родственных языков)? Этими (и многими другими связанными) вопросами занимается специальная дисциплина -- историческая лингвистика. И там есть куча умных слов, которые описывают происходящие в фонетике процЭссы -- асимиляция, диссимиляция, метатеза, лениция, тоногенез, сандхи, черт в ступе. И в 3800 знаков лично я все это уложить не возьмусь.

Так для носителей - это ни разу не трудности. И ни один естественный язык не создавался спецом для его легкого изучения.

***Зачем нужно английское буквосочетание "th", которое даёт звук, который средний между русскими "з" и "с", если можно было на этом месте поставить английскую "z" или "s" ***.

Нет, это не средний. Отличается от всех ниже перечисленных расслабленностью и недостаточным сдвигом языка вперёд. Это - островной деградационный звук, почти не имеющий аналогов на материке.

***Почему, например, существует английское слово "through" со странным произношением? Кому-то так было удобно?***

Английский язык начал свой путь от германских наёмников и прошёл через разнообразную историю. Помимо этого он богат диалектами. Причём, произношение могло браться из одного диалекта, а написание - из другого. Историю слов удобнее всего изучать на сайте etimoline.

Например, на страничке https://www.etymonline.com/word/through мы видим, что это слово имеет те же индоевропейские корни, что и русское слово "через". Но будучи пропущено через разные климаты приобрело разное звучание.

***Почему английская буква "c" может читаться как английская буква "s" или "k"***

Западная Европа позаимствовала письменность из Греции. Для написания звука "к" Греция предложила аж три варианта. Из которых был выбран почему-то вариант "с". Поскольку Запад в те времена пребывал в дикости и невежестве, каждый произносил эту букву на свой лад, начиная от исходного "к" и заканчивая расслабленным "с". А также встречались варианты расслабленного невнятного "ш", "щ", "ч".

Сегодня в Англии "устаканились" только два варианта: "к" - в ситуациях, где его легко произносить. И "с", где "к" англичанину с его слабой вырожденной островной дикцией произносить трудно.

Потому что раньше английский алфавит был ближе к фонетическом и существовали буквы яг и торн.
Этот самый яг gh в слове night.

Потому что в английском много заимствований из других языков.

Потому что произношение изменяется, а написание остается прежним.

Потому что украинская письменность была создана в конце 19века, и она максимально соответсвует фонетике языка, который с тех пор не развивался, а значит не видоизменялся облаченный в литературную форму.

Тогда как тот же английский язык письменность получил в пятом-седьмом веках, то естьоколо тысячи шестьсот лет назад, на базе латинской письменности, которая уже не соотвествовала фонетике английского языка. И сам ангнлийский язык за этот период неоднократно видоизменялся. Лингвисты различают древний английский язык, средний английский язык, и новый английский язык.

А поскольку каких о радикальных реформ правил орфографии английского языка за этот период не проводилось, то сохраняется старая архаичная форма записис слов, несмотря на то что их произношение в современном языке изменилось.

Проще говоря, англичане продолжают писать слова, так как они произносились когда то давно в прошлом. Слово through, англичане продолжают писать, так как оно произносилось в среднеанглийском языке, то есть в период с 10 по 15 века.

В русском же языке проводился ряд орфографических реформ, последняя масштабная в 1918 году, когда написание слов приводилось к их реальному изменившемуся звучанию.

У каждой буквы есть свой звук. Но когда они соединяются - по сути, создают нечто новое. Просто... Так вышло вот и всё