Почему "споры" как ругань во множественном числе, и "споры" как ядра зарождения - одинаковые слова?

В единственном числе дают формы - спор и - спора.
Слово - спор, русское по происхождению родственно словам - переть, перечить.

Тогда как - спора научное заимствованное из латинского языка - spora.

Совпадение звучания во множественном числе - случайное.

И то и другое сначала накапливается, развивается, а затем резко возникает, основа [ sp ].
Органами речи имитируются физические явления: [ s ] выражает скрытое развитие, [ p ] - мгновенный выплеск энергии. Эти же звуки содержат фонетически однокоренные слова: спорт, spit (плевать, англ.), спать - накопление воздуха и резкий выдох при раскрытии губ, спор, спора.
Схожие явления имитируются в словах:
СМЕРТЬ [ sm ] – С – звук последнего выдоха, М – смыкание век и губ, прекращение речи.
СТОП – [stоp] имитация возникновения преграды, полностью останавливающей движение. Звук С – движение воздуха. Т – закрывание прохода воздуха. О – хлопок перед окончательным перекрытием. П – полная остановка движения воздуха. Stop (англ.).

Потому что в русском языке окончание И.П. множественного числа одинаково для слов и первого, и второго склонения: -Ы/-И (после мягкой согласной).
Так развилась падежная парадигма.
Других причин нет.

Потому что слова спора пришло из греческого языка.

Они не одинаковые, и пишутся по-разному, вот и все.

Случайное совпадение.

слова развивались независимо друг от друга и до и после попадания в русский язык и случайно совпали. так бывает в любом языке. сами совпадения абсолютно случайны.

Потому что омонимы

Это слова омонимы. Таких много в русском языке. Точную причину появления конкретно этой пары не знаю. Советую прочитать этимологию каждого из них. Она должна пролить свет на эту величайшую тайну. Удачи!