Допустим Толстой в ,,Война и мир" поставил ненужную запятую по правилам современной пунктуации.

Это зависит от издания и от того, кому оно адресовано.
В массовых изданиях, предназначенных широкому кругу читателей, орфография и пунктуация максимально приближаются к современному их состоянию (Вы ведь не встречали в его произведениях написания "безсмысленный" или "красныя", не говоря уже о буквах, исключенных из алфавита в 1918 году).
Если буква или знак поставлены автором вопреки существовавшим тогда правилам совершенно сознательно, чтобы оттенить или усилить какую-то краску, то такое отступление обычно оставляют, иногда снабжая пояснительной сноской (например, в девятнадцатом веке было два равноправных написания "целовать" и "цаловать"; в подобных случаях логичнее оставлять то, которое выбрал автор, хотя сейчас второй вариант считается ошибочным).
А в изданиях, предназначенных специалистам, исследователям творчества Толстого, естественно, текст должен быть максимально приближен к тому, которое "благословил" в печать сам автор.

Можно оставить как есть, но обговорить в предисловии. можно изменить, согласно существующим правилам. Имеется опыт. Издавала книги 20-30- годов. Корректор была в трансе: кабарэ, сума ( с ума) и проч

У Л. Толстого всё выверено до мелочей.

На его громадных предложениях учились и учатся
студенты филфака, отмечая в одном предложении
и вводные слова, и простые и сложные синтаксические
конструкции.

Следите за своей пунктуацией, а босого графа не троньте --
будет сурово и грозно трясти бородой, являясь ночами)))

Не имеем
Ни одна грамотейская моська не имеет права учить русскому языку Толстого

Да. Я так считаю. И делаю.
С пунктуацией Льва Толстого дела не имею, у него есть академические издатели, пусть у них голова болит, а вот в современных переизданиях дореволюционных книг смело ставлю запятые, и не только (но чаще убираю -- такая раньше была пунктуация, более дробная). По правилам 1956 года, указаниям справочника Розенталя и современным веяниям.
То есть вместо
«Если встрѣтится ручей, я помогу тебѣ перейдти черезъ ручей; не пущу тебя впередъ для того только, чтобъ послѣ имѣть удовольствіе сказать: "подсидѣлъ же я читателя!" и послушать, какъ ты закричишь: "Ой! я сломалъ себѣ шею! Не думалъ -- не гадалъ; это все авторъ съигралъ со мной такую штуку!"»
будет
«Если встретится ручей, я помогу тебе перейти через ручей, не пущу тебя вперед для того только, чтоб после иметь удовольствие сказать: "Подсидел же я читателя!" -- и послушать, как ты закричишь: "Ой! Я сломал себе шею! Не думал не гадал; это всё автор сыграл со мной такую штуку!"»

Не, авторское право должно чтить.
А то у нас всю классику придётся переиздавать, хотя бы поправлять "одел сюртук" на "надел сюртук"))

Не про Толстого, но с тем же смыслом. «А Павел Петрович вернулся в свой изящный кабинет, оклеенный по стенам красивыми обоями дикого цвета, с развешанным оружием на пёстром персидском ковре...» (И. С. Тургенев, «Отцы и дети», VIII) В каком-то из последних переизданий для школьников (под рукой нет самой книги) читаю: "... с обоями СЕРОГО цвета" - "перевели" на общедоступный язык. Обоснованно? Не уверена. Ведь "дикий" цвет - не просто серый, а серый с голубым отливом.

Так ведь нонешние издания все идут без Ять-ек и Ер-ей, это уже адаптация. Через сто лет видимо до Ку и Кю дойдёт. Но ведь нельзя так лихо выдирать буквы, ведь с ними по пути могла и ещё какая-то толика смысла отвалиться. В общем ситуация немного философская.

Нет, нельзя.
Язык то был совсем другой.
Кроме того, во времена 1812 года дворяне вообще не говорили по русски, а как говорили крестьяне мы бы сейчас поняли с трудом.
Кроме того, почему вы не спрашиваете про букву "Ять" , которых были сотни тысяч у Толстого.

Можешь подставить запятую карандашом, но не выдавать себя автором книги.