Могут ли отказать в постановке на очередь обеспечения постоянным жильем для военных?

да все возможно.. Категории военнослужащих, имеющих право на вступление в НИС, определены статьей 9 Федерального закона от 20 августа 2004 г. № 117-ФЗ «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих» .
Выпускники военных образовательных учреждений, заключившие первый контракт о прохождении военной службы после 1 января 2005 года, включаются в реестр участников НИС сразу после присвоения им воинского звания офицера. Списки выпускников Минобороны РФ для включения в НИС готовятся в ввузах.
Тем же военнослужащим, кто имеет право на добровольное вступление в НИС, необходимо написать рапорт установленной формы на командира воинской части и зарегистрировать его в журнале учета служебных документов.
Важным моментом также является то обстоятельство, что наличие собственного жилья у военнослужащего или членов его семьи не препятствует его вступлению в НИС.

приказ №1280 МО РФ -там всё доступно и понятно.

Ваш знакомы может рассчитывать только на военную ипотеку. И это очень хорошо, но надо добиваться всего. Толкать друга. Он должен уже сейчас приобрести жильё по избранному месту жительства на будущее и пусть оно его ждёт. Иначе его завтра уволят и он ничего не получит. , а так хоть квартира останется. Изучите Приказ МО РФ № 1280, а так же ФЗ, Постановления, связанные с накопительной ипотечной системой. Просто наберите в инете накопительно ипотечная система. И получите всё , что вам надо изучить.

нет не могут.
а вот сидеть и ждать устанете, а то и вовсе не дождетесь.

поэтому совет простой: Не сидите и не ждите, а требуйте у чиновников то, что вам принадлежит по праву.
Ходите к ним каждый день, как на работу и закидывайте их почтовые ящики письмами.