От чего, кроме химического состава молекул,зависят свойства вещества?!

Свойства вещества зависят не только от того какие атомы образуют молекулу, но от порядка соединения их друг с другом, а также от взаимного влияния друг на друга.

мощность гравизаряда (сжатие атомов как таковых)
степень ионизации
структура

Если речь идет о химических свойствах, то именно молекула есть носитель этих свойств.

Конкретный ответ на этот вопрос зависит от того, о каком веществе и о каких его свойствах идет речь.

Дело в том, что у веществ имеется большое количество разнообразных свойств, которые обычно делят на физические и химические. Каждое из этих свойств может характеризоваться количественно (как, например, плотность) или качественно (как, например, воспламеняемость) . И, соответственно, на каждое из этих свойств может влиять в различной степени большое количество факторов.

Вот некоторые из этих факторов: агрегатное состояние вещества, взаимное расположение атомов в молекулах (или в кристаллической решетке) , температура, давление, наличие примесей.

Наконец, некоторые специфические свойства могут зависеть от специфических факторов. Например, химическая активность вещества может зависеть, кроме прочего, от наличия катализаторов, освещения, и других условий.

Агрегатное состояние вещества, взаимное расположение атомов в молекулах, температура, давление, наличие примесей...

от строения

температурой самого вещества и окружающей среды. Скажем, при температуре около минус девяноста градусов в Антарктиде сталь так же хрупка, как и стекло;
изомерией, то есть структурой расположения атомов (все живые организмы во всём многообразии их проявлений и отдельных органов и клеток образованы, главным образом, различными изомерами углерода);