Почему в популяции сохраняются вредные доминантные мутации?

Они сохраняются за счет неполной пенетрантности и варьирующей экспрессивности (или экспрессивности, меняющейся с возрастом) .

Юле Дворцовой.
Частота доминантных аллелей в популяции не изменяется (если отбор их не поддерживает) . А он их не поддерживает исходя из условия вопроса (вредные мутации) . Горох Менделя не имеет к этому никакого отношения. Тут надо закон Харди-Вайнберга вспоминать

Сохраняется потому, что молоденьким самкам носители этих доминант нравяцца

В популяции бесконечно большого размера, в которой не действует отбор, не идет мутационный процесс, отсутствует обмен особями с другими популяциями, не происходит дрейф генов, все скрещивания случайны — частоты генотипов по какому-либо гену (в случае если в популяции есть два аллеля этого гена) будут поддерживаться постоянными из поколения в поколение и соответствовать уравнению:

p² + 2pq + q² = 1

Где p² — доля гомозигот по одному из аллелей; p — частота этого аллеля; q² — доля гомозигот по альтернативному аллелю; q — частота соответствующего аллеля; 2pq — доля гетерозигот.

Говоря проще - Процесс наследования не влияет сам по себе на частоту аллелей в популяции, а возможные изменения её генетической структуры возникают вследствие других причин. Закон действует в идеальных популяциях, состоящих из бесконечного числа особей, полностью панмиктических и на которых не действуют факторы отбора.

На то они и доминантные (лидирующие, более сильные) гены, что вытесняют собой недоминирующие, а потому и имеют всё большее распространение. Вспомните эксперименты Менделя с горохом.