Генетика вопрос внутри

Когда вам хочется узнать, насколько далеко один организм в эволюционном плане ушёл от другого, вы сравниваете какие-то участки ДНК. Например, сравниваете один и тот же ген у кошки и собаки. Какой белок - не важно, например, гемоглобин.

Самый простой способ сравнения - сравнить попарно все нуклеотиды (А, Ц, Т, Г) . Большая часть из будет совпадать, однако какой-то процент (например, 5%) различаются. Тогда говорят, что p=0.05. Параметр p называется «попарным расстоянием» .

Однако это расстояние неточно отражает реальность. Например, если мы возьмём два абсолютно разных участка ДНК, то по логике они должны отличаться на 100%. Однако по теории вероятности даже в двух абсолютно произвольных последовательностях нуклеотидов в среднем 25% нуклеотидов чисто случайно совпадут, то есть попарное расстояние будет не p = 1.0, а p = 0.75.

Кроме того, попарное расстояние не учитывает один существенный момент: транзиция (то есть однотипная замена нуклеотида, например, пуриновый на пуриновый A < > Г или пиримидиновый на пиримидиновый Ц < > Т) гораздо более вероятна, чем трансверсия (то есть смена типа основания с пуринового на пиримидиновый или наоборот) .

Поэтому на практике применяют более сложные формулы. Одной из таких формул является «двухпараметрическое расстояние Кимуры» (Kimura two-parameter distance или K2P). Оно выражается формулой

K2P = –0.5 ln(1–2P–Q) – 0.25 ln (1–2Q),

где P – доля транзиций, Q – доля трансверсий.