Распад

На ранних этапах формирования Вселенной вообще не было никаких атомов и ядер. Вселенная состояла из одних элементарных частиц. Постепенно происходила конденсация. Протоны присоединяли к себе электрон. Образовавшиеся атомы водорода собирались в облака, которые сжимались под действием силы тяжести. Так появились первые звезды, в недрах которых “зажглась” реакция термоядерного синтеза. При слиянии ядер образуются тяжелые ядра: гелий, углерод, кислород и т. д. Все химические элементы формируются в ядерном котле звезд. В определенный момент звезда перегревается и взрывается, образуя новую или сверхновую звезды. В открытый космос вылетают струи вещества, образовавшегося внутри. Этот процесс служит толчком для образования новой звездной системы, уже с планетами, поскольку на этом этапе имеются ядра и атомы не только водорода, но и всей таблицы Менделеева.
Вот так приблизительно выглядит процесс формирования тяжелых элементов во Вселенной.

Все кода-нибудь кончается

1) Период полураспада например тория-232 составляет 14 миллиардов лет. Так что за время существования Вселенной распалось только половина атомов тория.
2) Постоянно происходит "подитка" тяжелых элементов от сверхновых.

По поводу образования химических элементов в ядрах звезд, в том числе и радиоактивных - см. мой ответ на вопрос другого пользователя. В частности, ядра изотопов U, Th, Rb, Pu образовались как результат быстрого нейтронного захвата при взрывах сверхновых.

А по поводу залежей радиоактивных элементов на Земле - см. ниже.

Конечно, на данной стадии эволюции Земли из космоса такие элементы могут попадать разве что с метеоритами. Но вот период полураспада относительно стабильных изотопов этих элементов - порядка миллиарда лет. Потому они встречаются на Земле.
Естественные залежи Тория на 99% состоят из его изотопа - Th-232, период полураспада которого составляет 1,4*10^10 лет.
Естественный Уран в виде урановых руд на 99,3% состоит из изотопа U-238 - 4.5*10^9 лет, который крайне неохотно распадается даже при поглощении нейтронов. И лишь на 0.6999% из изотопа U-235, период полураспада которого также велик - 7.04*10^8 лет.
Среди изотопов Плутония в природе наиболее часто встречается изотоп Pu-239 - в сверхмалых количествах в тех же урановых рудах как результат нейтронного захвата ядрами U-238 (нейтроны излучаются как результат распада других ядер U-235/238). Так что, несмотря на очень малый (относительно малый) период полураспада, 2.4*10^4 лет, в естественных условиях на Земле он существует и по сей день из-за пополнения его "запасов".