На каких НАУЧНЫХ(или все таки псевдонаучных?))гипотезах основывается отрицание некоторыми теории эволюции?

научных опровержений - никаких.
просто теория эволюции противоречит примитивным религиозным взглядам.

Ну с Коперником тоже воевали 500 лет.. .

подробнее тут:
http://www.evolbiol.ru/evidence.htm

Ну и неверно называть современную теорию "теорией Дарвина" - все-таки за 150 лет очень много нового узнали. Все равно, что всю физику называть "теорией Ньютона".

Эволюцио́нное уче́ние (также эволюционизм и эволюционистика) — система идей и концепций в биологии, утверждающих историческое прогрессивное развитие биосферы Земли, составляющих её биогеоценозов, а также отдельных таксонов и видов, которое может быть вписано в глобальный процесс эволюции вселенной. Первые эволюционные идеи выдвигались уже в античности, но только труды Чарльза Дарвина сделали эволюционизм фундаментальной концепцией биологии. Хотя единой и общепризнанной теории биологической эволюции до сих пор не создано, сам факт эволюции сомнению ученых не подвергается, так как имеется огромное число подтверждающих научных фактов и теорий.

Я полагаю вся история человеческих предрассудков неразрывно связана с историей человеческого самосознания и ответы на эти вопросы легко найти в социальной философии. Только вот непонятно, отчего у некоторых разум эволюционировал, а некоторые так и продолжают жить в невежестве. Ну а новейшие научные исследования не только не опровергают теорию Дарвина, а все больше находят ее состоятельность. Вопреки устоявшемуся мнению, жизнь на Земле зарождалась ни один раз и, видимо, всякий раз по воле Божьей. И кроме того, эволюция видов - в масштабах эволюции планеты - весьма быстротечна ...