Минимальный электрический заряд должен быть положительным или отрицательным. Что формирует это различие ?

Это различие формирует векторная полярность электрического поля. Векторная полярность приводит к тому, что должны быть источники и стоки силовых линий поля.
Если поле не векторное или не полярное, то такого эффекта может не быть.
Например магнитное поле векторное, но не полярное (аксиальное) , поэтому нет магнитных зарядов.
Или, например, гравитационное поле не векторное, а тензорное, в результате масса имеет только один знак.

разные кварки.
ниже уровня пока физика не знает

Заряд никому ничего не должен. Заряды бывают положительными и отрицательными. Это просто экспериментальный факт, не имеющий никакого объяснения (только описание) . Есть экспериментальный факт, указывающий на то, что свободные заряженные частицы могут иметь заряд лишь кратный по модулю заряду электрона. Заряд электрона и есть элементарный электрический заряд (а знак не имеет принципиального значения) . Теория и эксперименты показывают, что кварки имеют заряд, кратный 1/3 заряду электрона. Однако никто и никогда не наблюдал кварки в свободном состоянии - только в составе адронов.

Сам по себе электрический заряд это неуничтожимое, неотъемлемое свойство барионной материи. Природа электрического заряда неизвестна. Зато известно, что он имеет полярность и, что уничтожить эту полярность, то есть положительный и отрицательный заряд невозможно!
И потом, минимальный это скоко в граммах? Ведь какое бы вы маленькое число (n) не назвали всегда можно назвать число (n-1), которое будет еще меньше. И с чего вы взяли, что минимальный электрический заряд будет монополярным? Короче, кончайте нести пургу и пороть чушь, иначе эта чушь тут скоро завизжит. Тайна барионной ассиметрии Вселенной науке пока не по зубам.

Какая разница. Главное чтобы по значению был минимальным