Почему кисель густеет с точки зрения химии? Какие-то связи образуются между молекулами? ? И между какими атомами???

Это не совсем химия. Это как раз из области физхимии, а точнее коллоидная химия. Явление называется коагуляция.
Аарон верно про водородные связи пишет. Вещества не изменяются, а просто прилипают друг к другу. Происходит это из-за того что крахмал имеет очень длинную разветвленную структуру молекул. В этих разветвлениях вода и "застревает".

в него добавлен желатин

Мы знаем, что при разбавлении водой вязких жидкостей такого типа (клей и т. п. ) достаточно добавить немного воды и жидкость станет намного жиже в первые минуты, при быстром размешивании, а добавить еще чуть- чуть воды, - станет совсем жидкой. Делаем вывод, что частицы легко скользят на малом избытке воды.
Крупные кристаллы крахмала, желатина, казеина и т. п. органических веществ и даже неорганическимх (цемент) могут впитывать в себя очень много воды, вначале немного воды поверхностной оболочкой, - и уже начинают скользить, так как внешние острые углы кристаллов растворились. При добавлении воды кристалл продолжает таять.
Часть молекул воды затем вступает в слабую химическую связь
Если прекратить перемешивать, свободная вода медленно распределится в более "сухую" часть кристалла, связываясь, и жидкость начнет густеть от недостатка несвязанной воды.
Это демонстрирует, что мы имеем дело не с раствором-смесью в общепринятом смысле, а с химической реакцией на молекулярном уровне.
Цементный блок можно раздробить в порошок, прокалить, то есть разрушить связи окислов с водой, выпарить воду и снова получить порошковый цемент.
А вообще говоря, любой раствор на воде есть уже вещество с другим химическим составом, часто способным намного лучше вступать в реакцию с другими реагентами, особенно с газами, чем нерастворенное вещество. Просто атомарные связи внутри раствора слабые, легко создаются и легко распадаются, вода легко выпаривается.
В цементе же же связи воды, как мы знаем, возникают очень прочные, если остановить перемешивание. Кстати, цемент даже подогревают, особенно зимой, чтобы он не затвердел местами, чтобы вода диффундировала поглубже, распространилась более равномерно среди молекул силиката. Тогда блок получится прочнее. А чтобы раствор не затвердел при транспортировке, его перемешивают, не только для равномерности, но чтобы порвать связи механически. А если остановить перемешивание, то каждая молекула будет искать удобное место, чтобы упаковаться плотнее, образовать кристалл. Поэтому цемент при затвердевании даёт небольшую усадку по объёму.

с точки зрения физхимии называется золь-гель процесс

Множественные водородные связи между полимерными цепочками, я думаю. Между гидроксильными группами, их там много.

Ветхому фонду: а почему густеет желатин?

Это вам в школе задают такие задачи? Кароче, H2O испаряется. Так и густеет

Грубая аналогия. Представь себе толпу людей, одетых в черные или белые майки. Сначала тола спокойно перемешивается при перемещении. Но при определенных условиях люди в белых майках начинают брать друг друга за руки. Через некоторое время тола-жидкость будет уже представлять из себя толпу -желе.

есть несколько видов крахмальный и желатин и ещё какие то точно не знаю