К вопросу о происхождении видов. Кто-нибудь наблюдал происхождение какого-либо вида, скажем, в последние пару веков?

Новые виды возникали в историческое время. Например:
В лондонском метро образовался новый вид комаров от Culex pipiens (Byrne and Nichols 1999; Nuttall 1998).
Helacyton gartleri является клеточной культурой HeLa, развившейся в результате рака шейки матки человека в 1951 году. Культура растёт неопределённое время и получает широкое распространение (Van Valen and Maiorana 1991).
Сходное событие имело место относительно недавно с собаками. Саркома Стикера или опухоль у собак, принадлежащая по типу передачи к венерическим заболеваниям, появляется благодаря организмам, генетически независимых от своих хозяев, и отличающихся от клеток опухоли у волков или собак (Zimmer 2006; Murgia et al. 2006).
Несколько видов растений появились в результате полиплоидии (когда количество хромосом кратно возрастает, например, удваивается) (de Wet 1971). Одним из примеров является Primula kewensis (Newton and Pellew 1929).
Видообразование на начальном этапе, в котором два подвида скрещиваются редко либо почти безуспешно, встречается часто. Ниже приведены лишь несколько примеров:
Rhagoletis pomonella, яблонная муха, находится в стадии симпатрического видообразования. Её исходным местом обитания в Северной Америке является боярышник (Crataegus), но в средине XIX века появляется новая популяция в результате введения домашних яблок (Malus pumila). Два подвида остаются частично изолированными естественным отбором (Filchak et al. 2000).
Комары Anopheles gambiae демонстрируют видообразование на начальном этапе между их популяциями в северо-западной и юго-восточной Африке (Fanello et al. 2003; Lehmann et al. 2003).
Atheriniformes демонстрируют начало видообразования между морскими и устьевыми популяциями (Beheregaray and Sunnucks 2001).
Кольцевой вид демонстрирует процесс видообразования в действии. В кольцевом виде виды распределены более или менее вдоль одной линии, например, вокруг основания горного хребта. Каждая популяция могут скрещиваться с окрестной популяцией, но крайние популяции не в состоянии скрещиваться (в истинно кольцевом виде эти две крайние популяции примыкают друг к другу, образуя кольцо). Примерами кольцевых видов являются:
Саламандра ensatina с семью разными подвидами на западном побережье США. Они образуют кольцо вокруг Калифорнийской долины. На южном конце крайние виды Klauberi и Eschscholtzi не скрещиваются (Brown n.d.; Wake 1997).
Зелёные пеночки (Phylloscopus trochiloides) вокруг Гималаев. Их поведенческие и генетические признаки изменяются постепенно, начиная от Средней Сибири, распространяясь вокруг Гималаев и обратно, так, что две формы пеночки сосуществуют, но не скрещиваются в этой местности их обитания (Irwin et al. 2001; Whitehouse 2001; Irwin et al. 2005).
Оленья мышь, обладающая более 50 подвидами в Северной Америке.
многие виды птиц, включая Parus major и P. minor, Halcyon chloris (также, Todiramphus chloris), белоглазки, Lalage, Pernis, группу серебристых чаек и зелёных пеночек (Mayr 1942, 182-183).
Американские пчёлы Hoplitis (Alcidamea) producta (Mayr 1963, 510).
Слепыш Spalax ehrenbergi (Nevo 1999).
Имеются доказательства видообразования в виде органзмов, которые существовали лишь в средах, не существовавших сотни или тысячи лет назад. Например:
В нескольких канадских озёрах, которые образовались в последние 10.000 лет впоследствии последнего ледникового периода, колюшковые разделились на отдельные виды для мелководной и глубоководной среды (Schilthuizen 2001, 146-151).
Цихлиды озера Малави и озера Виктория разделились на сотни видов. Части озера Малави, возникшие в XIX веке, обладают собственными специфическими видами (Schilthuizen 2001, 166-176).
Виды Mimulus, приспособленные к почвам с высоким содержанием меди, растут только на отвалах, не существовавших до 1859 года.
Имеется также доказательство того, что видообразован

в природе - года не проходит, чтобы не нашли разделения видов в природе. Например, несколько лет назад было найдено, что в Германии клесты разделились на два вида - "старых", перелетных и "новых". остающихся зимовать, причем у новых уже и крылья слабее, и клюв мощнее, и эти виды уже не скрещиваются.

да что там в природе, в лабораториях множество раз наблюдали разделение видов, начиная с опытов Шапошникова над тлями в 60-е, потом была куча опытов с дрозофилами.

а подзабытый уже Мичурин умудрился даже вывести новый род - черноплодную рябину!

Конечно, и заметное количество даже среди высших животных. Причём в изоляции и стрессовой ситуации видообразование происходит довольно быстро
Я уж не говорю про микроорганизмы.

Видообразование также наблюдалось и у млекопитающих. Шесть случаев видообразования у домовых мышей на острове Мадейра за последние 500 лет были следствием исключительно географической изоляции, генетического дрейфа и слияния хромосом. Слияние двух хромосом — это наиболее заметное различие геномов человека и шимпанзе, а у некоторых популяций мышей на Мадейре за 500 лет было девять подобных слияний

Новые виды иногда обнаруживают. А вот когда они образовались это отдельный вопрос.

Виды появляются, но они не превращаются во что-то другое. Комары остаются комарами, примулы -примулами, а колюшки колюшками. Это разнообразие изначально заложено в их геном.