Почему у электрону присвоили отрицательный заряд, а протону положительный?

Понятие отрицательных и положительных зарядов появилось задолго до открытия электрона. Бенджамин Франклин, знаменитый ученый, а также по совместительству один из Отцов-основателей США, разработавший и подписавший американскую конституцию и Декларацию независимости от Британии, дипломат и губернатор Пенсильвании, считал, что электричество - особая жидкость, подобно тому. как раньше считали тепло тоже особой жидкостью - теплородом. Он считал, что в отрицательно заряженных телах недостаток этой жидкости, откуда и пошло понятие отрицательного заряда. Позднее оказалось, что в таких телах, наоборот, избыток электронов, но менять понятие отрицательного заряда уже не стали.

Потому что сначала определили направление течения электрического тока.
А потом обнаружили, что электроны текут как раз в противоположном направлении.
Чтобы не перекраивать все формулы, электронам просто дали отрицательный заряд.

Франклин от балды назвал. Но кто же будет возражать Президенту США?

Им не присваивали, они оказались такими. Понятие о положительном и отрицательном заряде появилось задолго до открытия электрона и протона.

на заре изучения электрических явлений, за долго до открытия электрона, заряд, полученный на стеклянной палочке, потертой о шелк, условились назвать положительным, а заряд полученный на эбонитовой палочке, натертой мехом, условились называть отрицательным. условились именно так, хотя могли бы и наоборот. знак заряда других заряженных тел определяли по их взаимодействию с стеклянной и эбонитовой палочкой, учитывая наблюдаемый факт, что одноименные заряды отталкиваются, а разноименные притягиваются. в экспериментах электроны отталкиваются от заряженных тел имеющих такой же заряд что и эбонитовая палочка и притягиваются к телам имеющим такой же заряд что и стеклянная палочка. следовательно электрон несет отрицательный заряд.

Если бы электрон был бы положительным, а протон отрицатильным, то вы бы всё равно спрашивали "Почему?".