В каких аниме упоминается Россия? Ну Хеталию, Темнее Черного и Первый отряд я уже знаю... Может быть, что-то ещё есть?

"Лунная миля" - часть действия происходит в России.
Первый "Макросс" - "Эти движки сделаны в Советском союзе, они не подведут! ".
"Крылья Хоннеамиз" - ракета один в один срисована с Р-7.
"Галактический экспресс 999" и "Космический пират капитан Харлок" - много русского есть, долго перечислять.
"Nodame Cantabile" - музыка в том числе русских композиторов.
"Обещанное место за облаками" - альтернативная история, Хоккайдо оккупирован СССР.
"Saber Marionette J" - один из городов-государств населён русскими.
"Ходячий замок Хаула" - форма матросов явно русская, времён Первой мировой войны.

Стальная тревога, Усавич)

Волчий дождь. Где-то к середине просмотра осознаешь, что место действия- Россия, особенно когда видишь табличку "Владивосток-Москва". Все надписи в этом аниме также на русском языке, Книга Луны тоже на русском. Короче, это самое русское аниме, из всех, что я видела)) )
Еще русские есть в Стальной тревоге, собственно, только из-за них и начала смотреть, но они там весьма примитивно изображены. Стереотипное представление о коммунистах)) )
Большая статься о России в аниме есть в последнем номере журнала Аниме Гид, если интересно, можно его еще почитать.

Кровь+, там некоторые действия происходят в России. Адепт Святого знака. Вроде это всё что я сам помню.

Black Lagoon

"Первый отряд", вообще "русское" аниме. Главную героиню зовут... Надя.. .
аниме про Вторую мировую войну с комментариями военных и т. п....)

Ммм.. . Yugo the Negotiator - Дальний Восток и Сибирь, советские военные и спецслужбы. Lupin III - во многих полнометражках так или иначе с русскими пересекается, раз даже с самим Распутиным. В Стальном Алхимике есть персонаж Яковлев, в Штурмовых Ведьмах - Саня Литвяк, в Пластиковой Малышке бородача зовут Михаил Дягилев, у него и газета русская. Из второго сезона Школы Убийц следует, что некоторые наставники 2-го Отдела участвовали в боевых действиях на Курилах. Потом ещё в первой части Воспоминаний о будущем русский космонавт показан.

Призрак в доспехах, но там только русскую мафию упоминают