Какие существуют перерывы на работе (программист)?

Ваш предыдущий работодатель абсолютно правильно организовал работу в компании. Перерывы в работе должны быть обязательны в соответствии с нормами охраны труда, основанными на САНПиНе 2.2.2/2.4.1340-03:
.....
1.4. В случаях, когда характер работы требует постоянного взаимодействия с ВДТ (набор текстов или ввод данных и т.п.) с напряжением внимания и сосредоточенности, при исключении возможности периодического переключения на другие виды трудовой деятельности, не связанные с ПЭВМ, рекомендуется организация перерывов на 10 - 15 мин. через каждые 45 - 60 мин. работы.

1.5. Продолжительность непрерывной работы с ВДТ без регламентированного перерыва не должна превышать 1 ч.

1.6. При работе с ПЭВМ в ночную смену (с 22 до 6 ч), независимо от категории и вида трудовой деятельности, продолжительность регламентированных перерывов следует увеличивать на 30%.

Это же должно быть прописано в инструкции по охране труда при работе на компьютере и в Правилах внутреннего трудового распорядка компании

Перерыв в 25% времени сверху к обеденному перерыву это довольно жирно. Таких норм точно нет.

нифига се, каждый час по 15 минут отдыха)) бред какой-то)) каждые 3 часа можешь на 10 минут отлучиться, не более.

Перекур должен быть.

Время отдыха при работе за компьютером должно соотноситься с требованиями СанПиН 2.2.2/2.4.1340-03, утвержденными 30.05.2003. На протяжении смены работник может устраивать себе перерывы в работе общей длительностью 50-140 минут

Поговорите со своим начальством. Объясните ситуацию. Если нормальное, то пойдет навстречу. Если нет, то подумайте, хотите ли вы работать в таком месте, если уже в начале вашего пути, случаются недомолвки. А для глаз купите капли Оптинол. Их советую капать всем, чья работа связана с компьютером. Они снимают усталость, увлажняют и вовзращают комфортное состояние глаз.