Какое форматирорвание лучше для раздела на который будет установлена ось и программы? fat, ntfs, на что это влияет?

FAT (от англ. File Allocation Table — «таблица размещения файлов» ) — архитектура файловой системы, сейчас широко используемая в картах памяти фотоаппаратов и других устройств.
Разработана Биллом Гейтсом и Марком МакДональдом в 1977 году. Использовалась в качестве основной файловой системы в операционных системах DOS и Microsoft Windows (до версии Windows ME).
NTFS (от англ. New Technology File System — «файловая система новой технологии» ) — стандартная файловая система для семейства операционных систем Microsoft Windows NT.

NTFS заменила использовавшуюся в MS-DOS и Microsoft Windows файловую систему FAT. NTFS поддерживает систему метаданных и использует специализированные структуры данных для хранения информации о файлах для улучшения производительности, надёжности и эффективности использования дискового пространства. NTFS хранит информацию о файлах в Master File Table (MFT). NTFS имеет встроенные возможности разграничивать доступ к данным для различных пользователей и групп пользователей (списки контроля доступа — ACL), а также назначать квоты (ограничения на максимальный объём дискового пространства, занимаемый теми или иными пользователями) . NTFS использует систему журналирования для повышения надёжности файловой системы.

NTFS разработана на основе файловой системы HPFS (от англ. High Performance File System — высокопроизводительная файловая система) , создававшейся Microsoft совместно с IBM для операционной системы OS/2. Но, получив такие несомненно полезные новшества как квотирование, журналируемость, разграничение доступа и аудит, в значительной степени утратила присущую прародительнице (HPFS) весьма высокую производительность файловых операций.

Различают несколько версий NTFS: v1.2 используется в Windows NT 3.51 и Windows NT 4.0, v3.0 поставляется с Windows 2000, v3.1 — с Windows XP, Windows Server 2003, Windows Vista,Windows 7 и Windows Server 2008.

на работу всей системы, на фат у тебя она совсем не станет

NTFS-стандарт

только ntfs

Смотря что ставить будете, если Linux - то вообще Ext. =)
Это типы файловых систем.
Влияет на некоторые параметры, так, например, fat не может работать с файлами большого объема. Ограничения на размер файла не помню, но Гугль наверняка знает ответ на этот вопрос. =)
Вообще, на что и что влияет и что для чего предназначено- вопрос очень объемный, если Вас это очень подробно интересует - воспользуйтесь поисковиком.
Размер кластера влияет на быстродействие, как влияет и какой именно для Вас оптимален - тоже к Гуглу. =)
Если Вам ставить Винду - то форматируйте в NTFS. =)

NTFS проверено временем!

Только NTFS на все разделы всегда. FAT устаревшая система форматирования, забудь про него!