Тормозит VNC. Что делать?

явного ответа сейчас дать не могу. но советую обратиться не в этот проект, а более квалифицированный. русфак (http://rfpro.ru/).

то что ты на дебиане разрешение и другие параметры изменяешь, это не нужно. это настраивается на клиенте. на линуксовском внс сервере этого пока нет, по крайней мере я не видел.

а так кое что сказать могу, я недавно отвечал на этом проекте, указал используемые мною программы удаленного администрирования. в твоем случае советую,
debian ---> ssh
windows ---> putty (ssh клиент для windows) + xming (xserver для windows)

это более надежно, можно работать со всеми программами, ничего не будет видно на линуксе, т. к. ты как другой пользователь на нем работаешь. но если же тебе нужно именно управление.. .то дело другое. я бы на счет виса, попробовал другое что нибудь в сети, разные программы и или другое. к примеру на дебиане большой файл (к примеру ДВД) , и скачать его с венды и наоборот, проверишь явную скорость. для измерение канала в винде советую DU Meter... для линукса в гноме есть апплет я его юзаю.

P.S.
написал типО краткО //хоть что то ;)

Типа сервак? С гномом? Нет, милейшиий это явно тролль. =)))
А для таких нужд используйте таки ssh. Типа серваку графика не нужна.